После вавилонского разгрома крупные города Иудеи фактически превращаются в деревни, многовековая традиция развития материальной культуры Палестины пресекается навсегда, памятники позднейших времен (например, обводная стена Неемии в Иерусалиме) принадлежат уже иной традиции, сформированной в многоплеменной державе Ахеменидов, при безраздельном доминировании арамейского влияния в Сиро-Палестинском регионе. Как область библеистики библейская археология использует общеархеологическую методику полевых и кабинетных исследований, заимствованную у классической, первобытной и ближневосточной археологии. Однако подход к интерпретации источников в библейской археологии долго определялся особым взглядом на исследуемый объект и формировался как в связи с разворачиванием полевых работ, так и в дискуссиях теологического, историко-религиозного и даже политического характера. В последнее время профессиональные археологи все чаще отказываются от названия «археология библейская» в пользу «археология Сиро-Палестинского региона», «археология Ближнего Востока эпохи бронзового и раннего железного века». За этими названиями стоит совершившееся разграничение двух научных областей. Одна изучает материальную культуру, используя принятые современной археологией методы полевой работы и комплексный аналитический подход с целью восстановления историко-культурного процесса как части общемирового. Вторая остается отраслью библеистики и стремится через археологию более глубоко, всесторонне понять Библию и как сложный исторический источник, и как священную книгу. На донаучном этапе стимулом изучения древностей было отношение к ним как к реликвиям. В эпоху рождения рационального знания возникли две школы изучения религиозных древностей – римская и протестантская, которые в этот период на Востоке ставили перед собой не столько археологические, сколько библейско-географические задачи: идентифицировать места, описанные в Библии, с реальным ландшафтом и тем самым «проиллюстрировать» сведения, известные из Священного Писания. Во второй половине XIX в. к задаче идентификации добавилась необходимость подтверждения историчности сообщений Ветхого Завета как реакция на развитие современной историко-литературной критики Библии. Поиск независимых, внешних аргументов привел теологов к необходимости изучения археологии Палестины. Именно с этого времени методический уровень полевых работ и процедуры камерального анализа в области библейской археологии начали отставать от общего развития науки, т.к. исследования часто осуществлялись теологами, не являвшимися профессиональными археологами. Значительную часть работ контролировали монашеские ордена (итальянские францисканцы, французские доминиканцы) и другие религиозные организации. Археологи долго не интересовались Палестиной, поскольку она не сулила ярких полевых открытий, а находки были скромными по сравнению с Угаритом, Уром или Египтом. Зато ученые, которые ставили перед собой целью апологию Библии, начиная с рубежа XIX–XX вв. очень активно изучали Палестину. Они выбирали, прежде всего, те памятники, которые можно было напрямую связать с Ветхим Заветом (например, Иерихон, Сихем), и пытались «выкопать» непосредственные подтверждения священного текста.