Большую часть суммы, ассигнованной на содержание его дома и служащих при нем, он употреблял на помощь бедным и устроил в городе несколько больниц и других благотворительных учреждений. Недоволен был им и распущенный столичный клир, который он подчинил должной дисциплине. Вооружились против него и богатые классы населения, истолковав его увещания к благотворительности и заступничество за бедствующих как стремление к возбуждению антагонизма между сословиями: «Соблазняет народ», – говорили они. Обличения роскоши и суетности константинопольских дам императрица Евдокия (по другим источникам – Евдоксия) приняла за личное оскорбление. Был созван Собор, который осудил его по самым мелочным и ложным обвинениям, в частности, за то, что «не знает гостеприимства». Его отправили в заточение. Но едва он отбыл из города, как в столице случилось землетрясение. Евдокия увидела в этом знамение гнева небесного за гонение праведника и поторопилась его вернуть с большой торжественностью. Но так как и возвратившись Иоанн не переставал в своих проповедях громить пороки общества, то скоро последовало второе и уже окончательное удаление его с архиепископской кафедры.

Во всех своих проповедях Иоанн говорил тоном властным, отеческим. Когда его упрекали за нападки на еретиков и грешников, он отвечал: «И мы ведем войну, но наша война не живых делает мертвыми, а мертвых (духовно) живыми. Не еретика преследую, а ересь, не грешника, а грех». Несторий также намеревался истребить не грешников, а грех, не еретиков, а ересь. Однако едва заняв архиепископский престол, начал гонения на еретиков, прежде всего на ариан. Их часовню, находившуюся за стенами столицы, он приказал разрушить. Ариане сначала отчаянно защищали свой храм, а потом подожгли его. Пламя перекинулось на соседние здания и истребило целый квартал. Вслед за арианами были изгнаны номиане, валентиниане, монтанисты и маркиониты. Многие современники осудили Нестория за эту смуту, а один из них, уже упоминавшийся Кассиан Римлянин, иронически писал: «Несторий заблаговременно принял меры, чтобы не существовало на свете других ересей, кроме его собственной».

Новый архиепископ оказался прямой противоположностью Иоанну Златоусту. Человек гордый и тщеславный, Несторий стал часто посещать императорский дворец и вскоре сделался настоящим царедворцем: любил пышность, почести и вошел в полное доверие к императору. Он нравился также императрице Евдокии, и только строгая сестра Феодосия – Пульхерия, которая в те годы фактически правила империей, отнеслась к нему настороженно.

Новый архиепископ увидел, что в Константинополе многие сбиваются на аполлинаризм (учение Аполлинария Младшего), другие – на арианство. У аполлинариев это отчасти выражалось наименованием Девы Марии Богородицей, у ариан – человекородицей. Дело в том, что итогом богословских споров IV в. стало признание догмата, что во Христе совершилось единение Бога и человека. Однако оставалось неясным, как должно понимать единство Богочеловека? Неизбежно возникал вопрос: когда Дева Мария родила Богочеловека, то кого, собственно, она родила – человека или Бога? И если она родила и того, и другого, то в каком отношении находились между собой два естества – божеское и человеческое? Никейский собор 325 г. определил догмат пресвятой Троицы и единосущность Трех Божественных Лиц, но относительно тайны Боговоплощения он не входил в подробное и обстоятельное обсуждение. Поэтому никейский Символ веры таил в себе много частных вопросов, которые Никейский собор не счел нужным поднимать.