При императоре Маврикии во главе персидского посольства оказываются несторианские епископы. Когда в VII в. на место персов пришли арабы, несториане ничего не потеряли. Они занимали высшие государственные должности, места провинциальных администраторов, служили при дворах эмиров и халифов. С VIII в., после перенесения халифами резиденции из Дамаска в Багдад, несториане становятся во главе расцветавшего арабского просвещения. Они переводят греческих авторов на арабский язык, собирают древние рукописи, путешествуют с учеными целями по разным странам. В то же время собственные несторианские школы поднимаются на небывалую высоту. Вместе с богословием здесь изучаются гуманитарные науки. Несториане являются знатоками всех языков, на которых говорило разноплеменное население Халифата.

В пору общего упадка несториане создали и поддерживали единственный очаг просвещения в мире. Богатая, просвещенная Церковь развила обширную пропаганду в пределах влияния Халифата, а также за ее пределами, в Средней Азии, Китае, Индии, Аравии. Одно из монгольских племен Средней Азии было обращено в христианство целиком и образовало несторианское государство, существовавшее до XIV в. К XIII в. несторианский католикос имел под своей властью 25 митрополий и около 150 епископий. Однако с этого века начинается и упадок. Монголы разгромили Халифат, а с ним и несторианскую Церковь. В пределах Халдеи она держалась до второй половины XIV в. Нашествие Тимура потрясло всю Переднюю Азию. Полудикие полчища все сметали на своем пути. Спасение нашли только те из несториан, которые ушли в недоступные горы Курдистана. С начала XVI в. несториане стали селиться в Сирии и Месопотамии и приняли турецкое подданство. Часть их осталась в пределах территории Урмийского и Ванского озер.

Турецкое иго заставило несториан рано искать покровительство Запада. В середине XV в. кипрские несториане присоединились к католической Церкви, а в середине XVI в. то же самое сделали несториане месопотамские, имеющие во главе патриарха, живущего в Мосуле. Прошлому остались верны только несториане Курдистана, именующие себя сиро-халдеями. Места священников у них передаются по наследству. Богослужебно-обрядовая сторона напоминает греко-восточную Церковь. Но здесь дозволен брак не только священникам, но и епископам. Несториане в Индии получили название фомитов (считают себя последователями апостола Фомы).