Однако фактические полномочия папы уже во многом определялись монархами Европы, тем более что реальная непогрешимость папы была широко известна, поскольку в узком кругу Павел III сам хвастался своим атеизмом. Он не только отрицал Бога, но и слепо верил астрологам, не предпринимая никаких действий без их совета. Зная об этом увлечении папы, знаменитый астроном Николай Коперник свой труд «Об обращении небесных тел» опубликовал незадолго до смерти и посвятил его Павлу III. Несмотря на этот дипломатический ход, работа все равно была оценена как еретическая.

Сменивший его папа Юлий III пытался найти компромисс с протестантами на Триентском соборе, но те, получив поддержку от короля Франции Генриха IV, не уступали своих позиций и покинули Собор, а новый папа Павел IV гонения возобновил. Теперь бывший Великий инквизитор Рима вообразил себя Великим инквизитором всего мира и провозгласил, что императоры, короли, князья и священники любого ранга будут безжалостно сжигаться, если окажутся виноватыми перед инквизицией. При нем большое развитие получили иезуитские учебные заведения, многие из которых впоследствии превратились в университеты.

Тем не менее, в Германии между католиками и протестантами в 1555 г. был подписан религиозный мир, укреплялись монархии в Испании, Франции и Англии. Это противодействие политике пап заставляло их прибегать ко все более изощренным уловкам для возвышения католичества. В 1559 г. Павел IV впервые опубликовал «Индекс запрещенных книг», т.е. список произведений, чтение которых приводило к отлучению от Церкви или на костер. Однако еще в начале Реформации было ясно, что размежевание европейских государств идет не по религиозному признаку. Государи-католики не всегда преследовали протестантов, а государи-протестанты – католиков. Напряженность в Европе в те времена создавали Испания и Франция, в борьбе за овладение Италией.

Наряду с протестантами жестоким гонениям при Павле IV подверглись и евреи, которым предписывалось обязательное ношение отличительного знака на одежде, проживание только в специально отведенном квартале, получившем название «гетто», запрещалось иметь недвижимость, держать прислугу из христиан, лечить христиан, торговать чем-либо, кроме старой одежды. Европейские евреи уже тогда делились на испанских (сефарды), немецких (ашкеназы) и турецких. Турецкие евреи также подверглись гонениям, однако султан Сулейман в письме папе выразил свой протест и пригрозил, что примет ответные меры по отношению к христианам, проживающим на территории Османской империи. Папа был вынужден отступить, однако для евреев Папской области оставил в силе обязательное ношение желтых шляп и проживание в гетто.

Джованни Медичи, ставший следующим папой Пием IV, был алчен и скуп, мстителен и кровожаден, жесток и коварен, отличался чревоугодием, любвеобилием и ленью. Правда, он меньше своих предшественников прибегал к насилию, предпочитая мошенничество и обман. С целью конфискации имущества он с помощью иезуитов уничтожил своих богатых благодетелей, братьев Карафа, возведших его на папский престол. Но именно Пий IV подготовил резню гугенотов во Франции в Варфоломеевскую ночь, хотя она произошла уже при папе Григории XIII. Пий IV сам церковной политикой не занимался, а поручил ее своему бывшему фавориту кардиналу Марку. Дни свои он проводил в созерцании пыток в застенках инквизиции, а ночи – в оргиях с фаворитами и любовницами.