К 1939 г. церковная организация была практически разгромлена. На территории СССР действовало лишь несколько сот православных храмов, а на свободе оставалось всего четыре архиерея – патриарший местоблюститель митрополит Сергий, митрополит Ленинградский Алексий, архиепископ Петергофский Николай и епископ Дмитровский Сергий. С 1935 г. перестал функционировать Временный Синод и церковное управление осуществлялось патриаршим местоблюстителем с помощью только местоблюстительской канцелярии. От полного разгрома организацию Русской Церкви спасли только внешнеполитические действия советского руководства, в результате которых в 1939–1940 гг. были аннексированы земли Западной Украины, Западной Белоруссии, Бессарабии (Молдова) и страны Балтии. Уровень религиозности населения на новых территориях был значительно выше, и Церковь по замыслу И. Сталина должна была способствовать их безболезненному включению в советскую систему.

Митрополит Николай и епископ Сергий, ставшие экзархами Украины и Прибалтики, добились перехода местных православных приходов под юрисдикцию Московской патриархии. Приходы Западной Украины и Западной Белоруссии были отделены от Польской Православной Церкви, а автокефальные православные Церкви Латвии и Эстонии ликвидированы.

К началу 1940-х гг. наметились изменения в государственной религиозной политике. В 1939 г. на страницах органа ЦК ВКП(б) журнала «Большевик» сплошное закрытие церквей характеризовалось уже как «рецидив контрреволюционного троцкизма». Подобная корректировка курса в отношении религии во многом объяснялась внешнеполитической обстановкой накануне Второй мировой войны. После того как митрополиту Сергию удалось включить в юрисдикцию Московской патриархии православные приходы западных территорий, Сталин и Политбюро увидели новую грань в деятельности и возможностях Русской Церкви, позволяющую укреплять советское влияние в сферах, где традиционные методы революционной диктатуры оказывались непригодными или малоэффективными.

Однако такой поворот имел и более глубокие причины. Во-первых, несмотря на террор, религиозность в стране не была уничтожена. Это показала Всесоюзная перепись 1937 г., в ходе которой 57% респондентов заявили о своей вере в Бога. Во-вторых, когда в границах СССР была фактически восстановлена Российская империя с преобладанием русского населения, у «вождя всех народов» возникла потребность укрепить свой режим с помощью традиционных национально-патриотических ценностей российской цивилизации, сложившихся под влиянием православия.

Окончательные контуры сталинской модели вероисповедной политики сложились в годы Великой Отечественной войны под влиянием активной патриотической позиции православной Церкви и других религиозных организаций. Известно, что уже 22 июня 1941 г. митрополит Сергий обратился к верующим с посланием, призывая выдержать испытание и «развеять в прах фашистскую вражескую силу», потому что национал-социалистическая Германия представляла серьезную угрозу не только для СССР, но и для ослабленных сталинским режимом российских религиозных объединений.