Победоносцев, не сумев предложить реальную альтернативу обновлению вероисповедной политики, после выхода знаменитого Манифеста от 17 октября 1905 г., провозгласившего гражданские свободы и создание Государственной Думы, ушел в отставку, что открыло путь дальнейшим преобразованиям. На его место был назначен князь А.Д. Оболенский, который сосредоточился на подготовке Поместного Собора. В январе 1906 г. для этого было учреждено Особое (Предсоборное) присутствие под председательством митрополита Антония, один из отделов которого занимался рассмотрением прерогатив государственной власти в церковном управлении. С 1912 г. работу продолжило Предсоборное совещание, однако к 1917 г. подготовка к Собору так и не была завершена. Сказались, с одной стороны, нерешительность власти в условиях нарастания революционного кризиса, а с другой – отсутствие общей концепции законодательства в вероисповедной области.

Попытку сформулировать такую концепцию предпринял премьер-министр П. Столыпин в связи с законодательной деятельностью Государственной Думы. В своем выступлении во Второй Думе в марте 1907 г. он, в частности, отметил необходимость законодательного закрепления исторической связи Российского государства и православной Церкви, потому что государство, утверждал он, не может отойти от заветов истории, хотя преимущества православной Церкви не должны нарушать прав других вероисповеданий и вероучений. Эти положения были им конкретизированы в речи в Третьей Думе в 1909 г. По его словам, государство, не вмешиваясь в канонические и догматические вопросы, оставляет за собой и право, и обязанность определять политические, имущественные, гражданские и общеуголовные нормы, вытекающие из вероисповедного состояния граждан, а также согласовывать интересы вероисповедной свободы и общегосударственные интересы с интересами господствующей Церкви.

Государство, по мнению Столыпина, не может вводить карательные нормы за отпадение от господствующей Церкви, поскольку это не соответствует духу начал вероисповедной свободы. Вместе с тем в России невозможно официальное признание вневероисповедного состояния, потому что иначе отпадает один из главнейших признаков христианского государства. Поэтому задача состоит не в том, чтобы приспособить православие к отвлеченной теории свободы совести, а в том, чтобы зажечь светоч вероисповедной свободы совести в пределах русского православного государства.

Однако концепция законодательного закрепления и гармоничного сочетания православных основ российской цивилизации с эволюционным расширением границ религиозной свободы не нашла поддержки у думских депутатов и была подвергнута ожесточенным нападкам как справа, так и слева. В 1912 г., уже после гибели реформатора, пакет из семи вероисповедных законов был отозван правительством из Государственной Думы, в результате чего возможность оптимального решения проблемы вероисповедного законодательства была упущена.

Либеральные публицисты пропагандировали лозунг «Свободная Церковь в свободном государстве» и тезис «В православном государстве не может быть господствующей Церкви». Они исходили из того, что в правовом государстве ни одна Церковь не пользуется никакими прерогативами и особой поддержкой со стороны государственной власти. Равно охраняя религиозную свободу представителей всех без исключения вероисповедных групп, признавая и атеизм, государство отделяет себя от вероисповедных интересов и окончательно сбрасывает с себя старую оболочку, поэтому она, т.е. религиозная свобода, написана на знаменах всех политических партий.