Исследователям неизвестно, как попал Жан Клуэ ко двору. Они считают, что его отцом был живописец Жан Клуэ из Брюсселя, не раз приезжавший во Францию, а, может быть, фламандец Мишель Клове (Клоэ), живший в Валансьене, племянник известного мастера миниатюры Симона Мармиона. Некоторый свет на загадочную фигуру Клуэ-старшего пролила расчистка портрета гуманиста Гильома Бюде. Об этом портрете упоминает сам Бюде, и среди эскизов из Шантильи уцелел набросок этого полотна. Несмотря на сходство с работами брюссельских художников, Клуэ выделяется из их числа уверенной пластикой, искусным рисунком и тягой к психологическому реализму. Его портретные работы перекликаются с произведениями английского придворного мастера Гольбейна, который, в свою очередь, мог учиться у Клуэ тонкостям работы с пастелью. Во всяком случае, нидерландские корни Жана Клуэ со всей очевидностью проступают в его немногочисленных живописных работах (их сохранилось около десяти), особенно в ранних, таких, например, как портрет дочери Франциска I Шарлотты. Он написан в традициях старых мастеров XV в., первооткрывателей техники масляной живописи: на маленькую деревянную доску, покрытую гипсовым грунтом, нанесён чёрно-коричневой эмалью рисунок, а по нему прозрачными слоями положены краски. Принцесса одета в тяжёлое платье и шитый жемчугом чепец, из которого выступает нежное, чуть печальное детское личико. Шарлотте было восемь лет, когда она умерла, и незадолго до этого позировала художнику. Примерно в те же годы Жан Клуэ выполнил большой заказ короля, который принёс ему удачу и открыл его творческую биографию. Это миниатюры, изображавшие героев-победителей в битве при Мариньяно в 1515 г. Победа в одной из бесконечных войн между Францией и Италией, длившихся более полусотни лет (с 1494 по 1559 гг.), положила начало царствованию Франциска I. Миниатюры Жана Клуэ украсили созданную в память об этом событии рукопись, названную «Комментарии к Галльской войне». В ней описывались воображаемые беседы между Юлием Цезарем и юным королём французов Франциском Цезарем, победителем швейцарцев, как льстиво прозвали его подданные. Портрет короля был помещён отдельно, в первом томе рукописи, а во втором томе Жан Клуэ изобразил семерых храбрецов Мариньяно. Миниатюры сделаны согласно правилам этого старинного искусства цветной гуашью и золотой краской на пергаментных листах рукописи. Пять предварительных рисунков, сделанных Жаном Клуэ с натуры, хранятся в музее Конде.