Имя Зенона Китийского часто упоминается в сочинениях латинских и греческих церковных писателей II–V вв. Хотя его влияние на патристическую мысль было гораздо меньшим, чем влияние последующих греческих и римских стоиков, некоторые рассматриваемые христианскими авторами стоические идеи имеют несомненную связь с основателем стоицизма, имя которого с течением времени всё больше становилось условным символом, отсылающим к системе стоических взглядов в целом. Наибольшее внимание в патристической литературе уделяется теологическим взглядам Зенона Китийского, многие из которых известны только благодаря сохранившимся в ней цитатам и парафразам. Церковные авторы излагают представления Зенона Китийского о природе и свойствах Бога; при этом нередко ему приписывается учение более поздних стоиков. Так, по свидетельству Ипполита Римского (III в.), «Хрисипп и Зенон считали, что Бог – начало всего – представляет собой самое чистое тело». В сочинении «К язычникам» Тертуллиан (II–III вв.) писал о том, что Зенон Китийский считал природу богов огненной, в сочинении «Против Маркиона» он же утверждает, что «Зенон объявил Бога воздухом и эфиром». Августин Блаженный также писал о том, что Зенон Китийский «считал огнём и Самого Бога». При этом, согласно Тертуллиану, Зенон Китийский отделял «мировое вещество (materia mundialis) от Бога» и говорил, «что Бог распространился по веществу, как мёд по сотам». Таким образом, по словам Тертуллиана, сущность теологического учения Зенона Китийского состояла в том, что вещество у него уравнивалось с Богом. Такие представления церковные авторы отвергали как ошибочные. Вместе с тем христианские писатели эпохи патристики положительно характеризовали учение Зенона Китийского о правящем миром божественном Логосе (или Номосе – законе), которое через посредство позднейших стоических авторов, несомненно, оказало серьёзное влияние на формирование христианской богословской терминологии. По словам Лактанция (III–IV вв.), «Зенон объявляет устроителем (dispositor) природы вещей и творцом мироздания (opifix universitatis) Логос, который... есть и судьба, и необходимость событий, а также Бог и душа Юпитера». В другом месте Лактанций свидетельствовал о том, что, по утверждению Зенона Китийского, «Бог – это божественный природный закон». Стоическое учение о «семенных логосах» использовалось раннехристианскими апологетами (II–III вв.) в их попытках соотнести языческую античную и христианскую картины мира; некие его отголоски исследователи обнаруживают и в оригинальном учении о логосах творения Максима Исповедника (VII в.).