Епископ Вениамин писал: «За двести лет пред сим дальние сибирские дауры были страною язычества, но Бог повелел быть свету среди тьмы неведения..., вера христианская сделалась господствующею, грады и веси украсились св. храмами Божиими, а в наши дни уже самые пустыни Забайкалья оглашаются учением Христовым и инде уже радуются посещению благодати и цветут яко крин». В то же время «многие не испытавшие подвигов миссионерского служения воображают, что не стоит труда обличить нелепость ламаизма, убедить ламаитов к принятию истинной веры Христовой, но ближайшее ознакомление с направлением и суевериями язычников, обитающих в пределах Забайкальской области, достаточно убедило, что христианство нелегко прививается к ним...» («Иркутские епархиальные ведомости»). К концу 1868 г. Забайкальская духовная миссия оказалась под угрозой закрытия из-за прекращения финансирования от Совета Православного миссионерского общества. По ходатайству Иркутского архиепископа Парфения и генерал-губернатора Восточной Сибири Михаила Семёновича Корсакова министр государственных имуществ Александр Алексеевич Зеленой выделил для миссии 500 десятин земли и семь рыболовных казённо-оброчных ловель. Однако немногочисленный штат миссии остался прежним. В 1878–1889 гг. главой миссии был Мелетий (Якимов), епископ Селенгинский, который отмечал упадок её деятельности, в частности, в Чите, из-за того, что «миссионеры поставлены в одиночное положение». Ещё будучи миссионером Тугнуйского стана, Мелетий считал главной задачей выделение земли новокрещёным и «привитие» русского православного быта в бурятской среде. Он добился выделения земли вокруг своего стана и начал селить на ней крещёных бурят. При нём центром миссии и викариатства с 1879 г. стала Чита, в которую переместилось миссионерское училище при Посольском монастыре. При епископе Мелетии было крещено около 4 тыс. ламаистов и шаманистов. Основанная в 1886 г. читинская женская Богородицкая община определением Синода от 12–22 января 1887 г. была призвана заниматься воспитанием девочек-сирот (в основном, из семей духовенства) и призрением больных, находящихся на попечении Забайкальской духовной миссии. Основательницей общины стала Александра Капитоновна Якимова, мать епископа Мелетия. В 1893 г. община была преобразована в Читинский женский монастырь (с 1914 г. – Покровский). При обители существовали две церковноприходские школы, приют для детей-сирот, дом трудолюбия (богадельня) для пожилых женщин с приютом при нём, амбулатория (1902 г.), в которой вёлся бесплатный приём больных, санаторий для воинов имени герцогини Евгении Ольденбургской (1904 г.). 12 марта 1894 г. из состава Иркутской и Нерчинской епархии была выделена самостоятельная Забайкальская и Нерчинская епархия с центром в Чите. Первым епископом Забайкальским стал Георгий (Орлов), который с 1893 г. был епископом Селенгинским, начальником Забайкальской духовной миссии. Селенгинское викариатство ликвидировалось, упразднялась, и должность начальника миссии, его функции передавались правящему архиерею. Забайкальская епархия стала полем деятельности Забайкальской духовной миссии, хотя объём полномочий миссии сократился.