Указы о веротерпимости, прежде всего, манифест от 17 апреля 1905 г., разрешавший новообращённым переходить из православия в исповедания, к которым они ранее принадлежали, ослабили позиции Забайкальской духовной миссии. Пандито хамбо-лама выступил с инициативой подчиняться не генерал-губернатору, а непосредственно министру внутренних дел, многие крещёные буряты выразили желание перейти в ламаизм. Священник Е. Кузнецов старался проповеднической работой ослабить отход бурят от православия, регулярно публиковал статьи о миссионерской деятельности в Забайкалье. Оставаясь начальником Забайкальской духовной миссии, он в 1909 г. принял постриг с именем Ефрем и был возведён в сан архимандрита, а в 1916 г. (после восстановления Селенгинского викариатства в составе Забайкальской епархии) стал епископом Селенгинским. Забайкальская духовная миссия была также связана с распространением православия в Монголии. В открытой при российском консульстве в городе Урга (ныне Улан-Батор) Троицкой церкви в 1864 г. состоялось первое богослужение, с 1893 г. богослужения велись постоянно до 1920 гг. Среди священников, служивших в Монголии, было несколько забайкальских миссионеров. В начале XX в. в Забайкалье стали активно переселяться корейцы. Первые сведения об их крещении относятся к 1895 г., процесс проходил очень медленно (не больше пяти человек в год). Начальником Корейской духовной миссии в Сеуле стал в 1904 г. иеромонах Павел (Ивановский; впоследствии епископ Уссурийский), который раньше был миссионером в Иргенском стане. Во время Русско-японской войны 1904–1905 гг., когда Корея была аннексирована Японией, он пребывал в Чите. Иеромонах Павел занимался переводом богослужебных книг на корейский язык, благодаря его трудам крещение корейцев приняло массовый характер. Власти Забайкальской области по ходатайству епископа Мефодия (Герасимова) разрешили корейцам, не имевшим паспорта, получать билеты на право проживания в России. В 1910 г. корейская диаспора в регионе насчитывала 1728 человек, из которых 1279 приняли российское подданство. 29 августа 1910 г. на реке Читинке архимандрит Ефрем (Кузнецов) впервые в Забайкалье крестил больше сотни корейцев. Они составили самостоятельную общину в Чите, при которой открыли школу с изучением корейского и русского языков для детей и вечерние курсы для взрослых, также при ней было общежитие для детей из пригородов Читы. В 1915 г. эта школа была зарегистрирована как одноклассная церковноприходская с наименованием Иннокентиевской миссионерской, она стала центром корейской диаспоры. В 1913 г. руководителем читинской общины был назначен корейский священник Константин Ким, помощником стал псаломщик и катехизатор Н. Цой, который преподавал Закон Божий в корейской школе Читы. В том же году священник Константин Ким был переведён в Иргенский миссионерский стан, объединявший много корейцев, а читинскую общину возглавил другой кореец, священник Авраамий Ликан. Окормляя общину в Забайкалье, он совершал поездки к корейцам, живущим в Иркутске и на различных приисках. В 1911 г. корейцы организовали издание на своём языке журнала «Православие», который оказывал влияние на диаспоры в Забайкалье, на Дальнем Востоке, в Китае и Японии. В 1918 г. был арестован и расстрелян глава Забайкальской духовной миссии епископ Ефрем, после чего деятельность миссии прекратилась. Попытки возродить Забайкальскую духовную миссию в России не предпринимались. В 1996 г. был открыт первый в современной Монголии православный приход во имя Святой Троицы в Улан-Баторе, вошедший в юрисдикцию Московской патриархии. В его организации участвовали представители Читинской и Забайкальской епархии.