Много усилий к возрождению общежительного уклада и обновлению монастыря приложила настоятельница Зачатьевского монастыря игуменья Мария (Коробка). В новом трапезном корпусе работали кроме квасной и хлебопекарни иконописная, рукодельная и свечная мастерские. Сёстры занимались златошвейным и белошвейным рукоделием, вышивали шёлком плащаницы и иконы, делали цветы для украшения храмов и др. При обители были двухклассная школа с бесплатным обедом, читальня для сестёр, библиотека, больница, богадельня для сестёр. В 1910 г. в старый трапезный корпус перевели состоявший при Филаретовском училище Аксаковский приют для девочек. Существовавшую с начала XX в. церковноприходскую школу преобразовали в двухклассную. В 1914 г. в обители расположили приют для детей солдат, погибших в Первой мировой войне. В 1910 г. был удовлетворён запрос игуменьи Марии об устроении монастырского подворья на землях в районе деревни Барвихи Звенигородского уезда. Были построены игуменские кельи, дом для сестёр, трапезная, больница и школа для крестьянских детей, а также хозяйственные здания. В 1911 г. на подворье была возведена церковь. К 1918 г. в Зачатьевском монастыре насчитывалось 375 насельниц. Всего с начала XVII по первую четверть ХХ в. исследователям известно 25 игумений Зачатьевского монастыря: Евфросиния (1623 г.), Агафия (1655 г.), Капитолина (1685–1694 гг.), Александра (до мая 1700 г.), Евдокия (Челищева; июль 1700 – 1710 гг., переведена в Вознесенский монастырь), Памфилия (Титова; 1710–1715 гг.), Анна (Ларионова; 1717–1719 гг.), Поликарпа (1721 г.), Ираида (Шарафетдинова; 1722–1726 гг.), Елена (Челищева; 4 февраля 1726 г. – 1742 г.), Надежда (Чилищева; 1742–1753 гг., уволена на покой), Александра (Семёнова; 1758 г. – июль 1763 г.), Анфиса (Сурина; 1764–1767 гг.), Измарагда (Захарова; 1767–1775 гг.), Амфилогия (Грачёва; 1775–1793 гг.), Доримедонта (Протопопова; 26 июня 1794 г. – 15 ноября 1817 г.), Митрополия (7 марта 1818 г. – 30 июня 1827 г., уволена на покой), Клавдия (5 июня 1827 г. – 19 июля 1830 г., переведена в Алексиевский монастырь), Палладия (21 декабря 1830 г. – 15 апреля 1843 г.), Аполлинария (Шувалова; 19 мая 1843 г. – 1851 г., уволена на покой), Мастридия (Ротенберг; 31 ноября 1851 г. – 23 ноября 1863 г., уволена на покой), Калерия (Хвостова; 25 октября 1864 г. – 7 сентября 1881 г., уволена на покой), Валентина (20 октября 1881 г. – 31 декабря 1908 г.), Мария (Коробка; 22 марта 1909 г. – 1925 г., до закрытия монастыря).