В этот период в Зачатьевском монастыре было больше сотни насельниц во главе с игуменьей Доримедонтой; была завершена перестройка соборного комплекса. Значительный урон Зачатьевскому монастырю принесло нашествие Наполеона 1812 г. Согласно описанию послушницы Зачатьевского монастыря дочери генерал-аншефа Е.И. Козловой, игуменья Доримедонта с сёстрами осталась в монастыре. Со 2 по 4 сентября врата Зачатьевского монастыря были закрыты; священник Емилиан Егоров ежедневно служил литургию. 4 сентября св. ворота были взломаны, монастырь подожжён. Сёстры нашли защиту за Крымским мостом, а через трое суток вернулись в монастырь, который французы запретили грабить. 8 сентября была отслужена всенощная, на следующий день – литургия на неразоблачённом престоле в приделе святителя Алексия. Кроме монастырских в церкви жили около 200 человек, спасавшихся от пожара и неприятеля. После освобождения Москвы Зачатьевский монастырь получил средства на восстановление. Уставом богоугодного заведения на жалованье к церкви в честь Сошествия Святого Духа были определены заштатный священник, а также церковница и несколько клиросных. В богадельне трудились бедные монастырские сёстры, пользовавшиеся отапливаемой кельей и монастырской трапезой, а на бельё, одежду и проч. получали жалованье, в свободное время им разрешалось работать на себя. Состояние дел в Зачатьевском монастыре к середине XIX в. отражает отчёт игуменьи Калерии (Хвостовой) за 1821–1867 гг. В эти годы количество насельниц выросло вдвое, до 173, доход увеличился в десять раз; в храмах и в других монастырских зданиях неоднократно поновляли иконостасы и росписи; был значительно усилен церковный звон. Кроме церкви Сошествия Святого Духа был устроен (1844 г.) большой каменный двухэтажный корпус: на верхнем этаже – кельи, а на нижнем – общая трапеза, кухня и проч., поновлены монастырская ограда и хозяйственные службы. В Звенигородском уезде было выделено по ходатайству его высокопреосвященства из казённых дач 150 десятин леса на отопление. Монастырь предоставлял временный приют богомольцам, снабжал их пищей от общей трапезы, от которой питались и бедные. Зачатьевский монастырь активно занимался благотворительностью (пожертвования в пользу сирийских христиан, на содержание чиновников духовной консистории, на содержание духовных учебных заведений и др.). С 1881 г., при игуменье Валентине, были предприняты действия по восстановлению общежительного уклада. К концу XIX в. Зачатьевский монастырь состоял в третьем классе. По штату было положено до 180 насельниц. На содержание отпускалось из Московского губернского казначейства на жалованье настоятельнице с монашествующими, священно- и церковнослужителями – 200 руб. 28 коп., на церковные потребы – 8 руб. 55 коп., на содержание ризницы – 57 руб. 12 коп., на наём служителей – 115 руб.