В 1469 г. Вена стала епископством и вместе с другим новообразованным епископством Винер-Нойштадт выделилась из епископства Пассау. Однако ещё в течение десяти лет Венское епископство существовало только формально, т.к. епископ Пассау Ульрих III отказался признать решение папы Павла II. Лишь после смерти епископа Ульриха III было признано существование Венского епископства (1480 г.), хотя и позднее оно сталкивалось с враждебностью со стороны епископов Пассау. В начале ХVI в. в состав Венского епископства входили три города и 14 соседних приходов. Первым епископом Вены стал Леопольд, граф Шпаур. За ним кафедру занял Георг Слаткония (1513–1522 гг.). В его задачи входило превращение Вены в епископскую резиденцию, установление связей с Римом и восстановление отношений с епископством Пассау, а главное – необходимо было противодействовать распространявшемуся в Австрии протестантизму. В 1520 г. в Вене многие обратились к учению Мартина Лютера, хотя о необходимости церковной реформы говорили ещё в 1499 г.: некий проповедник прибил к дверям собора св. Стефана тезисы, сходные с идеями, высказанными через 20 лет М. Лютером. Папский легат, профессор Ингольштадтского университета Иоганн Экк, приехавший в Венский университет, ознакомил студентов и преподавателей с буллой папы Льва X, в которой взгляды М. Лютера были осуждены. Но ни преподаватели университета, ни ректор не приняли к сведению заявления И. Экка, тогда папский легат потребовал от епископа Слатконии ознакомить с буллой всех священников и жителей города. Официальная позиция церкви была определена в специальном разъясняющем письме императора Карла V и декрете от 14 апреля 1521 г. о запрещении «лютеранских сект» и об изгнании приверженцев М. Лютера из Австрии. Остановить распространение нового религиозного учения не удалось, австрийские протестанты были убеждены в том, что их вера – лишь «улучшенный» католицизм, предусматривавший секуляризацию церковного имущества, вступление в брак духовенства, церковное богослужение на национальном языке, но, по их мнению, «во всём остальном они оставались верными сторонниками Рима и папы». Католическая церковь не признала мнения протестантов, осудив их как еретиков. В годы правления Фердинанда I (1521–1564 гг.) был издан ряд постановлений, призванных вернуть людей к истинной вере: в венских типографиях не разрешалось печатать литературу протестантского содержания, вводилась книжная цензура, запрещались некатолические богослужения, официальные лица без исключения должны были принимать участие во всех богослужениях, религиозных шествиях, подавая пример обывателям и т.д. Однако эрцгерцог не смог предпринять эффективные меры для подавления протестантизма в своих владениях, т.к. дом Габсбургов переживал серьёзные трудности как в своих владениях, так и на международной арене.