Годы правления Фердинанда I иногда называют периодом «компромиссного католицизма», который характеризовался политикой лавирования и выжидания. Идеи протестантизма стремительно распространялись как в Вене, так и во всей Австрии. С 1543 г. в венских приходах, церквах и монастырях начались проверки, в результате которых выяснялось, что монахи принимали учение М. Лютера, покидали монастыри и обзаводились семьями. Так, к середине XVI в. в бенедиктинском Шотландском монастыре осталось 14 монахов из 30, у доминиканцев число братьев сократилось с 86 до 10, у кармелитов – с 12 до 4. В женских монастырях св. Дорофеи и св. Клары были обнаружены лютеранские книги, аббатисы объяснили это тем, что их содержание более понятно сёстрам. В женском монастыре св. Бернарда комиссия обнаружила проповедника-лютеранина. В 1529 г. турки во время осады уничтожили все церкви и духовные институты в округе Вены. В 1551 г. в городе появились иезуиты и очень быстро взяли под свой контроль университет, школы, основали колледж, выпускали литературу, проповедовали почти во всех церквах. Для разъяснения основных вопросов католической веры Пётр Канизий, администратор Венского епископства и так называемый комиссар ордена в Австрии, составил Катехизис (или Малый катехизис), получивший полную поддержку и одобрение генерала иезуитов Диего Лайнеса. Он содержал важную уступку верующим в духе новых требований: был написан на немецком языке. С помощью иезуитов Венским епископам временно удалось стабилизировать положение католической церкви. Сын Фердинанда I Максимилиан II (1564–1576 гг.) проводил крайне противоречивую политику. Он снисходительно относился к протестантам не в последнюю очередь потому, что в ландтагах, где решался вопрос о налогах на войну с османами, протестантские сословия составляли большинство. 18 августа 1568 г. император Максимилиан II издал документ о введении в Нижней Австрии Аугсбургского исповедания (через семь лет в Вене Австрии), которое распространялось на господ и рыцарей. Император разрешал в замках, домах, дворцах, загородных владениях господ и рыцарей и патронируемых ими церквах проведение лютеранских богослужений. Но, поддерживая австрийских протестантов, император не мог идти на открытый конфликт с папой Римским и испанскими Габсбургами. Максимилиан II возобновил монастырские проверки и в 1568 г. создал монастырский совет, призванный восстановить значение и авторитет монастырей, поддержать их экономически, а также реализовать княжеское право патронирования монастырей. В правление Максимилиана II в Вене помимо лютеран появились сторонники учений Филиппа Меланхтона, Ульриха Цвингли, Маттиуса Флация Иллирика, а также различные радикальные секты. Император был недоволен многоликостью протестантизма в своих владениях.