«Господом совести» является только Бог. Тем не менее, Вестминстерскому исповеданию чужда идея свободы совести для всех, поэтому «ошибочные мнения или действия, а также какое-либо обнародование или поддержка их являются по своей природе разрушительными для вечного мира и порядка, которые Христос установил в Церкви. Такие люди могут быть законно призваны к ответу и подлежат судам Церкви и гражданской власти». Глава 21 («О Богослужении и субботнем дне») формулирует так называемое пуританское учение о христианской субботе, которая установлена божественным законом при творении, законом, данным Моисею, прообразующим искупление Израиля, а также является празднованием нового творения и окончательного искупления после Воскресения Христова. Поэтому суббота переносится с последнего дня недели на первый и названа «днём Господним». По Вестминстерскому исповеданию, этот день должен быть посвящён публичным и приватным богослужениям и делам милосердия (это учение не разделялось другими реформатами и не входило в континентальные исповедания веры, но пользовалось популярностью в Англии, Шотландии и США). В главах 25–26 содержится экклезиология (учение о церкви). Протестанты, подходя к вопросу о сущности церкви, первым делом различают видимую и невидимую церковь, считая невидимой вселенской церковью полноту избранных («всех тех, кто есть и будет собран воедино под Христом, своим Главой»), а видимой церковью, тоже вселенской (или всеобщей), считают состоящую «из всех живущих на земле верующих, которые исповедуют истинную веру, а также их детей». Тем не менее, они признают, что «самые чистые церкви под небом подвержены отклонениям и ошибкам». Христос провозглашается единственным Главой церкви, что представляет собой наиважнейший принцип противостояния вмешательству гражданских властей в дела религии. Несмотря на то, что в Вестминстерском исповедании декларируется полная свобода церкви в разрешении её собственных вопросов, над государством нет никакого авторитета или надзирателя по иерархическому принципу. Папа Римский, претендующий на роль верховного главы церкви на земле, объявляется «антихристом, человеком греха и сыном погибели, который возвеличил себя в Церкви против Христа и всего, имеющего отношение к Богу». В главе 26 («Об общении святых») указывается на необходимость поддержания «святого общения и братства» среди всех христиан, в какой бы части видимой церкви они ни находились. Сакраментология (учение о таинствах вообще и о крещении и Тайной вечере в частности) очень близка кальвинистской и излагается в 27–29 главах. Главы 29 («О гражданской власти»), 30 («О церковных мерах воздействия») и 31 («О синодах и соборах») посвящены вопросам церковной дисциплины и церковно-государственным отношениям. По Вестминстерскому исповеданию, гражданская власть установлена Богом, поэтому христианин может исполнять должность правителя или магистрата. Долг народа – «молиться за правительство, почитать его представителей, платить налоги и подати, повиноваться его законным постановлениям и подчиняться ему по совести». С другой стороны, «гражданская власть не может принимать на себя служение Слова и совершение Таинств», однако имеет право «созывать синоды и присутствовать на них». Синоды и соборы собираются для «лучшего управления Церковью». Среди мер церковного воздействия упоминаются увещевание, недопущение к причащению, отлучение от церкви. Хотя гражданские власти и могут выступать их инициаторами, но, в случае если «власти становятся открытыми врагами Церкви», служители церкви могут проводить их и без представителей власти, тем более что синоды и соборы не могут принимать решения по вопросам, не касающимся церковной жизни. Решения соборов, начиная с апостольских времён, «не являются сами по себе правилами веры или практической деятельности». В целом Вестминстерское исповедание излагает кальвинистскую систему в её схоластической зрелости, т.е. такую систему, которая оформилась в умах шотландских пресвитериан и английских пуритан в период их борьбы с прелатством Высокой церкви (см. Высокая церковь). Главные пункты этой системы (за исключением учения о христианской субботе, изложенному в главе 21) имели континентальное происхождение, тогда как форма их изложения была полностью английской. Авторы Вестминстерского исповедания, вне всяких сомнений, были очень близко знакомы с континентальной теологией. Но несмотря на то, что Вестминстерское исповедание содержит в себе по преимуществу элементы континентальной теологии и результаты арминианских споров, его составляли не по образцам какого-либо континентального исповедания веры или более ранних шотландских вероисповеданий, несмотря на то, что представители Церкви Шотландии присутствовали на Ассамблее и оказывали на неё значительное влияние. Вестминстерское исповедание, изменив некоторые из «Тридцати девяти статей» Церкви Англии, всё же смогло в общем и целом сохранить эти вероучительные концепты протестантизма. В настоящее время его продолжает придерживаться Церковь Шотландии. См. также Вестминстерская ассамблея теологов.