В Вестминстерском исповедании еврейские апокрифы полностью изъяты из канона, тогда как в «Тридцати девяти статьях» и в «Ирландских статьях» они, по крайней мере, перечисляются, хотя и не считаются каноническими. Теология и христология Вестминстерского исповедания содержится в главе 2 («О Боге – Святой Троице») и главе 8 («О Христе Посреднике»). Это вероучение стремится следовать традиции Никео-Цареградского Символа веры в вопросе учения о Троице и халкидонской христологии. Вопрос о предопределении рассматривается в тесно связанных между собой главе 3 («О Божьих вечных установлениях»), в главе 5 («О провидении»), в главе 9 («О свободной воле») и в главе 17 («О неотступности святых»). В них описывается теория «ограниченного искупления»: «Никто из иных не искуплён Христом, не имеет действенного призвания, не оправдан, не усыновлён, не освящён и не спасён – никто, кроме избранных»). Таким образом, эти главы являют собой логическую цепь, состоящую из идей, которые сформировали так называемую кальвинистскую систему, впервые развитую Жаном Кальвином (1509–1564 гг.) в полемике с католиками, а впоследствии нидерландскими и английскими кальвинистами в споре против арминиан (см. Арминианство). Единственный вопрос, который поднимался на Ассамблее, заключался в том, до каких логических пределов следует объяснять в конфессиональных стандартах учение о предопределении. Более последовательное и строгое супралапсарианство (см. Супралапсарианство) имело своих сторонников как в Вестминстере, так и на Дортском синоде (см. Дортский синод). Председатель Ассамблеи доктор Туисс вслед за де Безом и Франциском Гомаром (1563–1641 гг.) отстаивал учение о включении самого грехопадения в абсолютное вечное установление как необходимое средство для провозглашения Божественной справедливости. Тем не менее, инфралапсарианство (см. Инфралапсарианство), основываясь на учении Аврелия Августина (Блаженного; 354–430 гг.), одержало решительную победу. Грехопадение и его последствия регулируются декретом о попущении, а Бог категорическим образом освобождается от всякой ответственности за существование греха. Вестминстерское исповедание исходит из того, что Бог из всей массы падшего человечества избрал определённое число людей для спасения и «прошёл мимо» остальных, предав их справедливому наказанию за их грехи. Однако оно не предпринимает никаких попыток разрешить антиномию между Божественным суверенитетом и человеческой свободой, хотя в нём и говорится, что люди сами ответственны за свои грехи. В главах с 6 по 9 представлена привычная для реформатской доктрины антропология, однако с новыми деталями, касающимися заветов. В свете этого учения, человек с самого начала рассматривается как свободная и ответственная личность, а не как механизм для исполнения абсолютных Божественных установлений. Глава 7 устанавливает различие между двумя Заветами, которые заключены между Богом и человеком: заветом дел, заключённым с Адамом и потомством при условии совершенного и личного послушания, и заветом благодати, заключённым Христом с верующими. В ней утверждается, что в завете благодати Господь «дарует грешникам жизнь и спасение через Иисуса Христа, требуя от них веры в Него, чтобы они могли быть спасены, и обетование всем тем, которые предопределены к жизни, дать Его Святого Духа, чтобы соделать их желающими и способными к верованию». С другой стороны, утверждается, что божественные «абсолютные и вечные установления» никоим образом не являются причиной греховных поступков человека, поскольку люди сами ответственны за свои грехи. Завет благодати (помимо прочего) существует в двух различных свершениях – во времена Закона и во времена Евангелия. Во времена Закона он осуществляется посредством обетований, жертв, обрезания, приношений пасхального агнца и других прообразов и установлений, которые предвещали грядущего Христа. Во времена же Евангелия завет благодати совершается в проповедовании Слова Божьего и совершении таинств. Главы 10–18 содержат учение об оправдании, усыновлении, освящении, спасительной вере, добрых делах и уверенности в спасении (сотериология Вестминстерского исповедания исходит из положения об оправдании верой). В главе 17 («О неотступности (сохранности) святых») под «неотступностью святых» понимается то, что избранные Богом «не могут ни всецело, ни окончательно отпасть от состояния благодати, но, напротив, устоят в нём до конца и обретут вечное спасение». При этом «неотступность» зависит не от воли человека, а от «свободной и неизменной любви Бога Отца, действенности заслуги и ходатайства Иисуса Христа...» («святые» могут впадать в «прискорбные тяжкие грехи», навлекая на себя только «временную кару»). В главе 18 («Об уверенности в благодати и спасении») говорится о том, что «святые» обладают не просто надеждой, а уверенностью в своём спасении уже в земной жизни. В главе 20 («О христианской свободе и свободе совести») понятие христианской свободы, которую для верующих приобрёл Иисус Христос, заключается в освобождении от проклятия ветхозаветного закона, «от уз сатаны, от господства греха, от злой скорби, от жала смерти... и вечных страданий».