В конце XVII в. на территории епархии находилось 210 храмов, в 1705 г. – 285 храмов и 17 монастырей, в 1764 г. – около 600 храмов, в первой половине XVIII в. действовали от 18 до 22 монастырей. В 1829 г. в Воронежской епархии было больше 600 храмов, в 1864 г. – 732 храма, семь монастырей, в 1872 г. – 934 храма (12 соборных, 11 монастырских, 884 приходских, 11 при казённых заведениях, четыре домовых, четыре приписных, восемь кладбищенских) и семь молитвенных домов. В 1909 г. действовали 1096 храмов (14 соборных, 46 монастырских, 965 приходских, 28 при казённых и богоугодных заведениях, 29 приписных, 14 кладбищенских), 22 часовни и пять молитвенных домов, девять мужских и восемь женских монастырей; клир епархии составляли 38 протоиереев, 1200 священников, 262 диакона и 1096 псаломщиков, число монашествующих превышало 1350 человек. В управлении епархией помощь архиерею оказывал викарный Острогожский епископ (см. Острогожское викариатство, учреждено в 1841 г.). В конце XVII – начале XVIII вв. при воронежском архиерейском доме действовали канцелярия, судный и казённый приказы, в которых служили подьячие, стряпчие, а также приставы и дети боярские, позднее был учреждён келарский приказ. В 1740 г. приказы были преобразованы в архиерейскую духовную канцелярию, несколько архимандритов, протопопов и секретарь ежегодно назначались присутствовать в канцелярии. В 1744 г. была образована Воронежская духовная консистория, принявшая функции прежних епархиальных управлений, за исключением дел архиерейского дома. В 1762 г. дела в консистории разделялись на «повытья»: епаршеское, ставленническое, экономическое и казначейское. В конце XIX в. штат консистории состоял из четырёх человек: настоятеля кафедрального собора, секретаря и двух чиновников. В первой половине XVIII в. архиерей управлял духовенством при помощи поповских старост, собиравших пошлины с духовенства и надзиравших за их поведением, а также через уездные духовные канцелярии (духовные приказы, архиерейские дворы), контролировавшие исполнение постановлений епископа. Наряду с поповскими старостами существовали заказчики (главы заказа – крупного административного округа, в 1744 г. заказов на территории Воронежской епархии было 11), обычно это были монастырские игумены или архимандрит, до 1727 г. действовали инквизиторы, наблюдавшие за жизнью духовенства и паствы для передачи сведений о всяких происшествиях в приказы. С середины XVIII в. на местах управление духовенством осуществлялось через духовные правления (их было пять), подчинённые консистории. Правление состояло из трёх присутствующих, избиравшихся благочинными округа и утверждавшихся архиереем, канцелярии и благочинных. В 1801 г. была введена должность уездного надзирателя за благочинными, на которую назначался присутствующий в консистории. В его обязанности входило наблюдение за поведением подведомственного духовенства и ревизии в храмах. В уезды, где не было надзирателя, епископ для ревизии назначал доверенных лиц, преимущественно протоиереев и соборных священников. В каждом благочинии был свой духовник, избираемый местными священнослужителями и утверждаемый архиереем. В 1829 г. епархия была разделена на 50 благочиннических округов, в 1864 г. – на 64 благочиния. В конце XVII в. упоминаются приходские духовные школы в Воронеже и уезде, Коротояке, Острогожске, Черкасской слободе, при архиерейском доме. В 1708 г. был издан указ об определении детей священнослужителей в греческие и латинские школы, в начале 1720 гг. Синод докладывал Верховному тайному совету, что в Воронежской епархии «тех школ не учинено».