При последующих Воронежских епископах – Вениамине (Сахновском) и Феофилакте (Губанове) – открылись славяно-латинское училище при Дивногорском в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре (1742 г.) и духовная семинария (31 мая 1745 г.). Архипастырская деятельность Тихона Задонского в 1763–1767 гг. привела к укреплению духовно-нравственных основ жизни епархии, прежде всего, в монастырях. В 1767 г. он ушёл на покой сначала в Толшевский, затем в 1769 г. в задонский Богородицкий монастырь Воронежской епархии, где прожил около 13 лет, совмещая подвижнические труды с духовнической деятельностью. Епископ Арсений (Москвин) неоднократно объезжал епархию (в 1800, 1801, 1805 и 1807 гг.), укрепил епархиальное управление, расширил состав консистории, увеличил число духовных правлений по уездам с пяти до девяти. В 1801 г. в епархии была учреждена должность уездных надзирателей за благочинными (т.е. благочинных над благочинными), епископ Арсений (Москвин) ввёл избрание духовников для каждого церковного округа. Распоряжением 1807 г. было запрещено служение клириков, которые не были на исповеди. По инициативе Арсения (Москвина) в 1803 г. при Воронежской духовной семинарии было открыто русское училище «для неспособных к продолжению учения на латинском языке», в 1804 г. в Острогожске учреждено духовное училище для подготовки учителей приходских школ, в 1806 г. в Старобельске на средства духовенства – училище для сиротствующих детей священнослужителей, а также пять народных школ в южных уездах епархии. При епископе Антонии (Соколове) было построено трёхэтажное здание Воронежской духовной семинарии с домовой церковью, возведён храм в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» на месте уединения Тихона Задонского. В декабре 1810 г. он создал курсы подготовки кандидатов в клир, в 1813 г. открыл приходские училища в Новохопёрске и Землянске. В годы Отечественной войны 1812 г. епископ Антоний (Соколов) благословил ополчение, принимал деятельное участие в сборе пожертвований (от монастырей, приходов и клира Воронежской епархии было собрано больше 50 тыс. руб.), проповедями способствовал подъёму патриотических настроений среди духовенства и паствы. В 1831 г. при ремонте воронежского Благовещенского собора были обретены мощи Митрофана. Воронежский архиепископ Антоний (Смирницкий) подготовил канонизацию Митрофана, которая совершилась в 1832 г., тогда же Воронеж посетил император Николай I.