В начале 1993 г. с санкции патриарха Алексия II Кирилл вошел в Международный подготовительный комитет по созыву Всемирного Русского собора в Москве (с инициативой которого выступил «Всемирный Русский Конгресс» Игоря Кольченко, РАУ-корпорация Алексея Подберезкина, «Роман-газета» Валерия Ганичева, а также журналы «Наш современник» и «Москва»). Став одним из пяти сопредседателей подготовительного комитета, Кирилл провел 26–28 мая 1993 г. в Свято-Даниловом монастыре I Всемирный Русский Собор. С 26 февраля 1994 г. Кирилл – член Синодальной Богословской комиссии. В феврале 1995 г. он руководил II Всемирным Русским Собором. Незадолго до этого президент Б.Н. Ельцин в ходе общения с Кириллом в неофициальной обстановке пообещал ему возвратить церкви конфискованные у нее после революции земли, а затем (под давлением Анатолия Чубайса) взял обещание назад. На Соборе Кирилл выступил со слабо завуалированной критикой властей за неморальную и антинациональную политику. Было декларировано учреждение «Всемирного Русского Собора» как «постоянного надпартийного форума» под эгидой церкви, избрано четыре сопредседателя Собора (митрополит Кирилл, И. Кольченко, В. Ганичев, Наталья Нарочницкая). Под влиянием радикалов (Михаил Астафьев, Ксения Мяло, Н. Нарочницкая, И. Кольченко) Собор принял ряд чисто политических довольно радикальных антизападнических деклараций, принятию которых церковные иерархи во главе с Кириллом не препятствовали. В промежутке между февралем и декабрем 1995 г. Кирилл умерил оппозиционность возглавляемого им «надпартийного форума», а на III Всемирном Русском Соборе в начале декабря 1995 г. не допустил принятия никаких резких политических заявлений. Организация была переименована во Всемирный Русский Народный Собор, главой которого был единогласно избран Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, а его одним из его заместителей – митрополит Кирилл. Со 2 августа 1995 г. он – член Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации. В 1996 г. – член Совместной Комиссии Константинопольского и Московского патриархатов по «эстонскому вопросу». С 6 июня 1996 г. – председатель рабочей группы Священного Синода по выработке проекта концепции, отражающей общецерковный взгляд на вопросы церковно-государственных отношений и проблемы современного общества в целом. В 1996 г. Кирилл вошел в состав совета директоров банка «Пересвет». В сентябре 1996 г. газета «Московские новости» (№ 34) опубликовала сообщение о том, что ОВЦС, возглавляемый митрополитом Кириллом, в 1994–1996 гг. организовал ввоз подакцизных товаров (в первую очередь, сигарет) в обход таможенных пошлин, под видом гуманитарной помощи, на суммы в десятки миллионов долларов и в количестве десятков тысяч тонн. Обвинения были поддержаны другими популярными светскими газетами (в частности, «Московским комсомольцем» – журналистом Сергеем Бычковым). Считается, что негласным инициатором этих обвинений был тогдашний управляющий делами МП архиепископ Солнечногорский Сергий (Фомин). Для расследования этих сообщений была создана внутрицерковная комиссия во главе с архиепископом Сергием (Фоминым). Однако позиция митрополита Кирилла, который отрицал умышленный ввоз в страну сигарет и говорил, что церковь не могла отказаться от навязанного ей подарка, была поддержана Архиерейским Собором РПЦ 1997 г. Кирилл активно участвовал в подготовке закона «О свободе совести и о религиозных объединениях», утвержденного Б.Н. Ельциным 26 сентября 1997 г. В марте 2001 г. он выступил с предложением перечислять часть подоходного налога россиян в бюджет религиозных организаций, в том числе Русской православной церкви. Хобби – горные лыжи. Живет в официальной резиденции ОВЦС в Серебряном Бору (Москва). В 2002 г. купил пентхаус в Доме на набережной с видом на храм Христа Спасителя (квартира зарегистрирована на Гундяева Владимира Михайловича, «о чем есть соответствующая запись в кадастровой ведомости»).