В период с 1612 по 1619 гг. на Руси патриархов не было. Церковь возглавляли  временные иерархи – митрополиты Пафнутий и Ефрем Казанский. После смерти Ефрема (1614 г.) церковью управлял митрополит Крутицкий Иона – человек необразованный, упрямый и мстительный. В феврале 1613 г. Земский собор избрал царем 16-летнего Михаила Федоровича Романова (1613–1645 гг.). Герои освобождения России Минин и Пожарский были оттеснены на задний план, получив незначительные должности. Конечно, юный и слабый, мягкий и безвольный царь Михаил мог удержаться на престоле только благодаря Земскому собору, который заседал почти беспрерывно в течение первых десяти лет его правления. Опустевшая и обедневшая Россия должна была еще не только отражать отдельные шайки польско-литовских авантюристов, но и противостоять регулярным войскам Швеции и Польши. Так, 1614 г. шведский король Густав II Адольф (1611–1632 гг.) осадил Псков, а в 1617 и 1618 гг. королевич Владислав IV вознамерился захватить «свой» трон в Москве. Но оба претендента были разбиты. В 1617 г. с помощью Англии (Яков I помог России субсидиями) был заключен «вечный» мир со Швецией (Столбовский мир), а в 1618 г. – перемирие на 14,5 лет с Польшей. Оба этих мирных договора были не в пользу России, которая теряла ряд своих земель и выход к Балтике, но получала передышку от военных действий. Кроме того, в результате обмена пленными возвратился отец царя, митрополит Филарет (в миру Федор Никитич Романов-Захарьин, племянник царицы Анастасии, первой жены Ивана Грозного), который был посвящен в новый сан как четвертый русский патриарх ФИЛАРЕТ (1619–1634 гг.). Он родился около 1554 г., в молодости получил хорошее образование, был женат на Ксении Ивановне из незнатного рода дворян Шестовых. Борис Годунов, опасаясь Романовых, преследовал их. Поэтому Федор Никитич был насильно пострижен с именем Филарет и сослан в 1600 г. в Сийский монастырь, а его жена, постриженная с именем Марфа, была сослана в Заонежский край. Лжедмитрий I возвратил Филарета и возвел его в ростовские митрополиты. Филарет был твердым сторонником царя Василия Шуйского. В 1608 г. отряд Сапеги захватил его и привел в лагерь «Тушинского вора», а самозванец провозгласил его патриархом. Когда Тушинский лагерь распался, Филарет отправился в Москву. После низвержения Шуйского он был избран членом посольства к Сигизмунду под Смоленск по поводу избрания королевича Владислава на Московский престол и возглавил посольство вместе с князем В.В. Голицыным. Сначала посольство было принято, но потом поляки стали требовать от послов приказа смоленскому гарнизону сдать город. После отказа посольство было отправлено в Вильну, и всякие переговоры с ним были прекращены. Когда начало формироваться ополчение, послов сначала заключили под стражу, потом отправили в Польшу. Филарет проживал в доме канцлера Льва Сапеги. Попытка после избрания Михаила на царство в 1613 г. добиться возвращения Филарета в обмен на пленных поляков не удалась. Привели к обмену пленными лишь Деулинское перемирие русских с поляками и переговоры на р. Поляновке. Филарет возвратился в Москву 14 июня 1619 г., а 24 июня был посвящен в московские патриархи бывшим тогда проездом в России иерусалимским патриархом Феофаном III (1608–1644 гг.). Филарет сразу же стал незаменимым советником и соправителем царя и оказывал сильное влияние на Михаила Федоровича. Фактически началось добровольное двоевластие – все государственные вопросы сын-царь и отец-патриарх, не имевший церковного образования, решали совместно. Двуглавый орел в гербе России и византийская идея «симфонии священства и царства» получили реальное воплощение на престоле. Деятельность патриарха в последующие 14 лет сказывалась во всех сферах правительственной деятельности. Филарет, как и сын его, носил титул «великого государя», стоявший на всех грамотах, и занял в государстве место, равное царю. В сфере церковного управления и суда патриарх оставался независимым и никем не стеснялся.