После же окончания соборных прений, когда крутицкий митрополит Павел и рязанский митрополит Илларион вдруг отказались подписать приговор над Никоном, Паисий много содействовал их убеждению (сказал 3 речи в защиту царской власти), так что упорствовавшие архиереи не только подписали соборный акт о низложении Никона, но даже еще были вынуждены просить о прощении. 12 декабря 1666 г. Никон был осужден и сослан в Ферапонтов монастырь. Не сдобровал, однако, и Паисий. Все это время он незаконно пользовался титулом митрополита, т.к. давно уже был лишен кафедры и даже проклят как еретик константинопольским и иерусалимским патриархами за написанную им книгу о подвижниках и патриархах, в которой выступил в защиту папской власти. Известие об этом пришло в Москву в 1668 г. Уведомлял об этом царя Алексея Михайловича иерусалимский патриарх Нектарий, но это не испортило его отношений с царем. Алексей Михайлович, будучи признателен Паисию за его участие в деле Никона, просил иерусалимского патриарха снять с Лигарида запрещение. И патриарх, «ради прощения и любви самодержца русского», освободил Паисия от отлучения и проклятия. В конце весны 1672 г. Паисий Лигарид собрался домой. В «Деле об отпуске из Москвы в Палестину Газского митрополита Паисия» помещен указ царя Алексея Михайловича от 31 мая: «Указал великий государь отпустить с Москвы в Палестину Газского митрополита Паисия, а на Симоновском подворье, где он жил, хоромы и сад, и погреб, и всякое строение, по его великому государя указу, приказано беречь посольского Приказу греческого языка переводчику Миколаю Спотариусу...» Сверх того, царь предписывал киевскому воеводе князю Григорию Афанасьевичу Козловскому со товарищи, что когда Паисий будет в Киеве, то чтобы ему с людьми давали «кормец по рассмотренью». Вследствие этого, местные власти оказывали Паисию полное внимание. В Киеве Паисия, вместе «с причетники и с племянником и с служки», поместили в Софийском монастыре. Киев Паисию понравился. Он там остался и начал преподавать в Академии философию. По свидетельству митрополита Евгения, его лекции по этому предмету хранились в бумагах московского профессора А.А. Барсова. В 1673 г. киевские воеводы доносили царю, что Паисий «со слезами бьет челом, чтобы ему или позволили вернуться в Москву, или бы прибавили поденного корма». Государь, снисходя на его просьбу, велел спросить у него: куда он хочет ехать – в Москву или за рубеж? Паисий отвечал, что «для своей болезни и за стужею к Москве ехать не сможет, а за рубеж за воинскими людьми ехать нельзя», и просил позволения остаться в Киеве. Тем не менее, в Киеве он оставался недолго. Он и оттуда стал делать царю доносы на киевское духовенство. В 1676 г. Паисий опять появился в Москве. Долго ли он пробыл в Москве, неизвестно, но оттуда снова вернулся в Киев, где и умер (24 августа 1678 г.), в Братском монастыре, потеряв всякое влияние в Москве. По некоторым сведениям, Паисий Лигарид, ученик иезуитов, не только был посвящении в Риме в священнический сан, но и получал от папы ежегодное содержание, что не мешало ему в Москве притворяться православным. Ему принадлежат еще изъяснение божественной литургии, написанное в духе латинства историческое сочинение о патриаршествовавших в Иерусалиме, история о-ва Хиоса и история осуждения патриарха Никона.