Озлобленный Никон жестоко разругал столь ненавистного ему грека: «Лучше бы мне было не видеть такого чудовища, лучше бы я хотел быть слепым и глухим, чтоб не слышать его циклопских криков и громкой болтовни!» Между тем, над головой Лигарида стали собираться тучи. Восточные патриархи отозвались на царское приглашение (1664 г.). При этом Иерусалимский патриарх Нектарий, проведав, что Паисий ищет титула патриаршеского экзарха и уже называется так в Москве, объявлял через своего посланного, что это самозванство. Затем и Никон, узнав разными путями, преимущественно же через греков, служивших и нашим, и вашим, о разных проделках своего врага, всякий раз, как только представлялось ему нужным, пользовался этими сведениями. Озадаченный Паисий особой челобитной на имя государя ходатайствовал, чтобы взведенные на него обвинения были рассмотрены собором. Собор был созван во дворце после Фоминой недели в 1665 г. Многочисленные свидетели показали в защиту Лигарида. Тогда он стал просить царя отпустить его домой, «пока не съехался в царствующий град Москву собор вселенский». Царь, разумеется, не отпустил Паисия: он теперь больше чем когда-либо был нужен Алексею Михайловичу. Хотя нельзя отрицать того, что верить Лигариду он стал меньше. В бумагах Приказа Тайных Дел сохранилась грамота константинопольского патриарха Дионисия от 12 ноября 1666 г., в которой он рекомендует в качестве своего заместителя на соборе Паисия Лигарида, именуя его «святым и благоразумным, рассудным и сведущим» в церковных делах. Царю вздумалось проверить через келаря Чудова монастыря Савву, поручал ли Дионисий Газскому митрополиту быть его представителем на соборе. И вот тут-то и открылось, что Дионисий подобного поручения Паисию не давал и грамоты никакой не посылал. Так что с тех пор о своем экзаршестве Паисий больше не заикался. В ожидании прибытия восточных патриархов съехались в Москву русские архиереи. В феврале 1666 г. открылся собор по делам раскола. Паисий Лигарид сам явно не принимал участия в соборе, хотя был приглашен патриархами к тайному совещанию: ему, как человеку ученейшему, царь и собор поручили составить опровержение на челобитную попа Никиты из Суздаля, заключавшую в себе возражения против новоисправленных печатных книг. А так как Паисий русского языка не знал, то челобитную Никиты пришлось для него переводить. Из-за этого обстоятельства Лигард не имел возможности вникнуть, как следует, во все подробности содержания челобитной; отсюда и труд его оставляет желать лучшего. Написанные Паисием на латинском языке, а потом переведенные на русский Симеоном Полоцким «ответы обличительные на церковных противников», в количестве 31-го, на такое же число возражений Никиты «ефемерного теолога, даже концем перста не вкусившего теологии», отличаются общностью. Как иностранец, Паисий старался не углубляться во внутренний смысл русской жизни и в расколе видел одно лишь порождение невежества, главнейшим средством против которого, как и следовало ожидать, признавал просвещение. 2-го ноября 1666 г. приехали в Москву александрийский патриарх Паисий и антиохийский патриарх Макарий. Паисий Лигарид по приказанию государя был приставлен к ним для ознакомления их во всех подробностях с делом Никона. Сохранилась записка Лигарида с изложением вины московского патриарха. 7 ноября начались заседания собора для суда над Никоном. Их было 8. Паисий присутствовал на 2-м (разрешил вопросы об уместности, праве и значении созванного собора), на 5-м и, кажется, на 8-м.