В то время прошло уже более четырех лет, как произошла размолвка между «собинными друзьями» Алексеем Михайловичем и патриархом Никоном, причем размолвка эта успела вырасти в открытую вражду. Паисий сразу очутился в неловком положении между царем и патриархом, одинаково к нему расположенными. «Не знаю, куда мне обратиться! – откровенно писал он в одном из своих писем, – потому что никто не может работать двоим господам?..» Вскоре, однако, как и следовало ожидать, Паисий перешел на сторону врагов Никона, т.е. царя и бояр. Он начал с того, что подал царю письмо, в котором убеждал его ревностнее заняться делом Никона для блага церкви и государства. Уже здесь Паисий не обошелся без укоров в адрес патриарха. Никон отвечал ему в свою защиту пространной грамотой на латинском языке. Тогда Лигарид выступил против Никона с открытым обличением корня всех зол – самолюбия. Он уговаривал патриарха «покаяться», «смириться, воздав кесарево кесареви» (П. Лигарид «О соборе, бывшем в Москве на Никона»). Никон не внял советам Паисия, но еще более раздражился, грозил отдаться на суд папы. Угроза произвела сильное впечатление в Москве. Паисия пригласили в патриаршую палату и поручили ему разобрать заявление Никона и выяснить, имеет ли он право обращаться в Рим. Паисий на основании византийских хроник решил вопрос отрицательно. Успешное исполнение этого поручения возвысило Лигарида в глазах врагов патриарха. На него стали смотреть как на ученого мужа, дорогого человека в столь тревожное время. Его каноническими познаниями задумал воспользоваться один из злейших врагов Никона, боярин Стрешнев. Он обратился к Паисию с 30-ю вопросами, в которых излагалось поведение Никона, а также отношения патриарха к царю, с требованием письменного ответа на них для доклада государю. Паисий со всей гибкостью ума отвечал на эти вопросы полным осуждением всех действий Никона. Ответы его составили целую тетрадь, озаглавленную «Отписка боярину Семену Лукьяновичу Стрешневу митрополита газского Паисия на тридесять вопросов ответы новых обычаев Никоновых, бывшего патриарха Московского во 171 г.»). Эти ответы Паисий представил Стрешневу при письме, в котором говорил, призывая Бога в свидетели, будто, «не хотел для осуждения завидных людей того дела начинати, ведаючи, что явную недружбу и неприятство иметь буду с патриархом». Он выразил сожаление, что не знает русского языка, а должен довольствоваться плохими переводчиками, которые, «чего не разумеют, опускают, или толкуют противо любви и воли своей, покрываючи свою глупость». Еще большую услугу противникам Московского патриарха оказал Паисий Лигарид советом объявить восточным патриархам все дело о Никоне, т.е. посоветовал царю пригласить восточных патриархов для суда над Никоном. Царским указом 21 декабря 1662 г. было повелено созвать в Москве, в мае или июне 1663 г., собор, пригласив на него вселенских патриархов и русских архиереев. Паисий составил для патриархов 25 вопросов, на какие отвечал сам по делу Никона, но только имя последнего ни в одном из них не упоминалось. Вопросы и пригласительные грамоты патриархам повез иеродиакон Мелетий, соотечественник и друг Лигарида. Тем временем началось Боборыкинское дело, и Паисию пришлось видеться впервые лицом к лицу с Никоном. Боборыкин подал донос, будто Никон проклял царя Алексея Михайловича. Для разъяснения этого дела была отправлена в Воскресенский монастырь комиссия. Во главе ее поставили Лигарида.