В 1998 г. в Оятском монастыре проживали четыре монахини и несколько трудниц. С 2002 г. сестричество возглавляет монахиня Иоанна (Егорова), 7 мая 2003 г. утверждённая в должности настоятельницы, с 2006 г. – игуменья. Восстановительные работы велись фактически под началом настоятеля Александро-Свирского монастыря архимандрита Лукиана (Куценко; ныне епископ Благовещенский и Тындинский). До окончания ремонта Введенского собора богослужения совершались как в нём, так и в северо-восточном корпусе. С 1993 г. на втором этаже корпуса временно действовала домовая церковь в честь иконы Божьей Матери «Призри на смирение». До 2001 г. были отремонтированы фасады Введенского храма, устроен двухъярусный иконостас (иконы написаны в мастерской Тервенического в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря). Во Введенском соборе находятся мощевик с частицами мощей святых Сергия Радонежского, Макария, митрополита Киевского, Даниила Переяславского, Нила Столобенского, Луки (Войно-Ясенецкого) и Ионы (Атаманского), перенесённый из Александрова Свирского монастыря, а также чтимая икона Введения во храм Пресвятой Богородицы. К 1995 г. на месте алтаря Богоявленского храма был установлен крест, в 2003 г. над местом упокоения преподобных Сергия и Варвары появились две гробницы из карельского гранита. В 2004–2006 гг. над ними была сооружена кирпичная часовня. Над новооткрытым целебным источником построена часовня с купальней (2003–2005 гг.), рядом – деревянная водосвятная шатровая часовня в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» в русском стиле (2005 г.). Колокольня восстановлена с завершением в виде «древнерусского» шатра, зимой 2005 г. на неё были подняты семь уральских колоколов, самый большой – весом 364 кг. В Троицкую родительскую субботу 2006 г. на участке Богоявленского храма была установлена памятная мраморная книга с высеченными на ней выявленными именами насельников монастыря за всю его историю. В 2005 г. был реконструирован в стилистике старых монастырских зданий кирпичный дом 1960 гг. между келейным корпусом и колокольней. В 2005–2006 гг. была также построена монастырская стена со святыми воротами, от колокольни сделан спуск к реке Ояти. К северо-западу от церкви устроено новое кладбище. Оятский монастырь владеет сельскохозяйственными угодьями (106 га). В 2005 г. был посажен сад из 70 плодовых деревьев (яблонь, вишен, слив) и 40 ягодных кустов. На месте часовни, где стоял родительский дом преподобного Александра Свирского, в пустоши Мандеры, силами Всецерковного православного молодёжного движения установлен крест (1996 г.). Раньше на этом месте находилась деревянная часовня (1820 г.). 21 сентября 2006 г. архимандритом Лукианом (Куценко) там была заложена часовня во имя святого (2014 г.). За основу проекта был взят один из старейших в России деревянных храмов Георгия Победоносца в деревне Родионово (Юксовичи) Подпорожского района Ленинградской области.