Эта грамота сгорела в 1592 (1590?) г., о чём сказано в челобитной старца Игнатия царю Фёдору Ивановичу: «Приходили на наши на Новгородские места Немецкие люди войною и тот наш монастырь, и церкви, и в церквах образы и книги сожгли». Старец жаловался на притеснения со стороны подьячих и рассыльщиков от Новгородских воевод, также со стороны наместничьих дьяков и детей боярских и десятников от Новгородского митрополита. Жалованной несудимой грамотой от 17 мая 1597 г. царь Фёдор Иванович освободил монастырскую вотчину (6 обж и озеро) от податей и оброка, а ещё раньше, в 1589 г., пожаловал обители «пустую тоню Серебреницу и сколом на реке на Свире повыше Ролгача». Права по этой грамоте утвердил царь Борис Фёдорович Годунов (25 июня 1598 г.). Пожалования государя Феодора Иоанновича подтвердил иеромонаху Варлааму царь Василий Иванович Шуйский (февраль 1607 г.). Исследователи полагают, что в 1613 г. выходцами из литовских земель были сожжены Богоявленский и Петропавловский храмы, в Оятском монастыре оставалась только Введенская церковь. По писцовой книге 1620 г., во Введенском погосте на Ояти находились «церковь Введение Пресвятой Богородицы да два места церковные Богоявление Господне, да Петра и Павла церкви позжгли Литовские люди да на монастыре ж 3 кельи поставлены вновь после войн Литовских и Немецких людей: келья черного священника Исака да келья келаря старца Павла, да келья, а в ней живут 3 старца да за монастырем двор конюшенный». Наиболее ясно изложил права Оятского монастыря царь Михаил Фёдорович в грамоте от 5 марта 1618 г. и особенно – от 29 марта 1625 г. Согласно последней, обитель во главе с иеромонахом Варлаамом владела вышеупомянутым озером, шестью обжами земли, из которых четыре были пусты и поросли лесом, тоней и «сколом на Свири». В 1627 г. деревянный монастырь вновь горел. Грамоту подтверждали цари Алексей Михайлович (20 января 1646 г.) и Фёдор Алексеевич (12 января 1677 г.). Самая старая подлинная грамота в монастырском архиве относилась к 16 июня 1635 г. (Новгородского митрополита Аффония), древнейшая из четырёх сохранившихся описей Оятского монастыря – к 1675 г. (Санкт-Петербургский филиал Института Истории РАН). Согласно грамоте царей Ивана V Алексеевича и Петра I Алексеевича от 20 марта 1683 г., обитель была приписана к Александрову Свирскому в честь Святой Троицы монастырю. Права по грамоте Аффония были подтверждены последующими Новгородскими архиереями: Никоном (Миновым; 17 июня 1649 г.), Макарием III (12 октября 1653 г.), Питиримом (2 января 1665 г.), Иоакимом (Савёловым; 28 февраля 1673 г.), Корнилием (8 февраля 1675 г.; им же 23 февраля 1677 г. строителю иеромонаху Иосифу были переданы две полосы пахотной земли в Агафоновщине у монастырской ограды, принадлежавшие новгородскому Софийскому дому), Евфимием (Рылковым; 4 октября 1696 г.), Иовом (5 февраля 1698 г.) и Феофаном (Прокоповичем; 9 января 1728 г.). В Оятском монастыре были сооружены деревянные Богоявленская (1704–1705 гг.) с Введенским и Петропавловским приделами и Александро-Свирская (1702–1703 гг.) церкви. 14 декабря 1762 г., при архимандрите Андронике (первый из известных исследователям настоятелей в этом сане; 1761–1763 гг.), пожар уничтожил оба храма, частично изменившие посвящения, – деревянный Богоявленский с трапезной и колокольней и Введенский с Петропавловским приделом – с большинством утвари.