Еврейские и мусульманские общины в центральных регионах России проходили регистрацию на общих основаниях в подразделениях VIII отдела при местных органах власти. Заметное место в деятельности Ликвидационного отдела занимали христианские неправославные конфессии. Руководители российских католиков и протестантов в отличие от представителей православной церкви в момент организации VIII отдела получили приглашение к участию в его законодательной и экспертной работе. Если отношения католической церкви и советских властей стали конфликтными уже осенью 1918 г., то сектантские объединения ещё несколько лет продолжали восприниматься, по крайней мере, частью большевистских руководителей как естественные союзники. Представители сектантов принимали активное участие в разработке декрета СНК «Об освобождении от воинской повинности по религиозным убеждениям» от 4 января 1919 г., согласно которому право ходатайства и судебная экспертиза по подобным делам возлагались на образованный ранее группами толстовцев, баптистов, евангельских христиан, адвентистов и др. Объединённый совет религиозных общин и групп (ОСРОГ). Однако в конце того же года VIII отдел потребовал лишения ОСРОГ прав юридического лица в соответствии с декретом «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» и в 1920 г. добился внесения изменений в декрет «Об освобождении от воинской повинности по религиозным убеждениям», после чего сектантские организации потеряли право участвовать в судебных делах. Другим направлением в работе с сектантством была деятельность религиозных сельскохозяйственных коммун и артелей. Если в отношении коллективных земледельческих хозяйств, образованных монашескими общинами православных монастырей, VIII отдел и Народный комиссариат земледелия (Наркомзем) сообща придерживались жёсткой позиции (совместное распоряжение Ликвидационного отдела НКЮ и Наркомзема от 30 октября 1919 г. предполагало строгое соответствие уставов таких сельхозартелей советскому религиозному законодательству, запрещало участие в них священнослужителей, лишало членов коммуны прав содержать свой храм и образовывать церковный приход), то во взглядах на коллективные хозяйства, организуемые сектантами, позиции двух ведомств решительно разошлись. Глава Наркомзема Семён Пафнутьевич Середа при активной поддержке Д.В. Бонч-Бруевича и председателя партийной Комиссии по сектантским делам Петра Гермогеновича Смидовича выступал за предоставление сектантским колхозам ряда правовых льгот, что вызывало возражения со стороны руководителя VIII отдела П.А. Красикова. В частности, П.А. Красиков протестовал против принятия особого устава для сектантских сельскохозяйственных коммун, видя в этом возможность предоставления вопреки декрету «Об отделении церкви от государств и школы от церкви» прав юридического лица религиозным организациям. В связи с полемикой по сектантскому вопросу Ликвидационный отдел поднимал в высших органах власти и проблему о свободном распространении в стране религиозной литературы, требуя принятия против этой деятельности решительных мер. VIII отдел участвовал в проведении репрессий против духовенства. В журнале «Революция и церковь» помещались отчёты о судебных процессах над церковниками, на которых сотрудники отдела выступали в качестве свидетелей и экспертов обвинения. В годы гражданской войны было налажено тесное сотрудничество Ликвидационного отдела с органами государственной безопасности.