В число первостепенных задач, поставленных инструкцией, входили: национализация денежных средств и небогослужебного имущества конфессиональных объединений; закрытие всех религиозных благотворительных и просветительских организаций, а также домовых церквей; изъятие из приходских церквей метрических книг; составление описей храмов и богослужебного имущества, передаваемого в пользование религиозным общинам, и заключение с ними соответствующих договоров; прекращение преподавания религиозных вероучений в общеобразовательных учебных заведениях; недопущение политических выступлений духовенства, ограничение его деятельности исключительно религиозной сферой. Хотя на полную реализацию положений Инструкции от 24 августа 1918 г. отводилось всего два месяца, практическое осуществление программы предусмотренных ею мероприятий растянулось на несколько лет, тем более что на значительных окраинных территориях советская власть была прочно установлена только в завершающий период гражданской войны. Даже в 1921 г. в приходивших в VIII отдел отчётах из некоторых губерний сообщалось, что «Декрет об отделении Церкви от государства… полностью ещё не проводился… ввиду всевозможных затруднений». Наиболее оперативно преобразования в религиозной сфере осуществлялись в Москве и Московской губернии под непосредственным контролем VIII отдела. Однако, например, в Петрограде, как показали проверки осенью 1918 г., большинство пунктов Инструкции НКЮ от 24 августа 1918 г. к оговорённому в ней сроку не было выполнено; более того, оказалось, что местные советские служащие «не осведомлены о самой инструкции..., а с самим декретом знакомы лишь по названию». В большинстве петроградских районных советов не были образованы отделы по церковным делам: ими ведали культурно-просветительские, статистические или юридические отделы. Не был проведён учёт имевшихся храмов и монастырей, не составлялись описи их капиталов и имущества, не заключались договоры о регистрации приходских общин, не были закрыты многие домовые храмы, повсеместно продолжали действовать церковноприходские школы. Под сильным давлением VIII отдела петроградские власти с начала 1919 г. приступили к выполнению положений Инструкции от 24 августа 1918 г., причём с существенными послаблениями в пользу религиозных объединений (сохранение части домовых храмов и духовных учебных заведений, допуск духовенства к работе в госаппарате). Большая гибкость и умеренность петроградских властей в отношении церкви объяснялись определённой автономией, которой пользовалось большевистское руководство Петрограда во главе с влиятельным членом Политбюро ЦК РКП(б) Григорием Евсеевичем Зиновьевым, проявлявшим известную осторожность, чтобы не создавать лишних поводов для внутренней напряжённости в прифронтовом городе. В других регионах основной причиной задержек в реализации советской религиозной политики обычно была неподготовленность к работе представителей местного госаппарата. Наиболее успешно (по крайней мере, по отчётам в VIII отдел) обстояли дела с выполнением декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» в Калужской и Костромской губерниях, и это было, скорее, исключением из правила.