Несмотря на отдельные конфликты, Михаил Хониат, систематически выступавший защитником своей паствы перед лицом императорских чиновников, по всей видимости, как полагают исследователи, смог добиться её расположения. В 1202–1204 гг. он сумел отстоять афинский Акрополь от нападения архонта Навплия Льва Сгура, который, воспользовавшись общим кризисом византийского государства, провозгласил себя независимым правителем. Тем не менее, в конце 1204 г. Михаил Хониат был вынужден передать город подошедшим отрядам крестоносцев во главе с Бонифацием Монферратским, а сам удалился в изгнание (впоследствии в Афинах было учреждено латинское архиепископство). В течение 1205 г. Михаил Хониат посетил Фессалонику, где встретился с неким кардиналом (как предполагают исследователи, с Бенедиктом, кардиналом-пресвитером римской церкви святой Сусанны, который в 1205 г. находился в греческих землях в качестве легата Римского папы Иннокентия III, а также ряд городов на острове Эвбея. Спустя некоторое время Михаил Хониат поселился на острове Кеос (ныне Кея) и провёл там 12 лет, продолжая поддерживать связи с греческим духовенством Афинской епархии. В 1208 г., ссылаясь на старческую немощь и привязанность к Афинам, Михаил Хониат отклонил предложение никейского императора Феодора I Ласкаря (1208–1221 гг.) и своего друга Константинопольского патриарха Михаила IV Авториана (1208 – 1213/1214 гг.), принять попечение о вдовствующей кафедре Наксоса. При этом в своих письмах Михаил Хониат прославляет Феодора I Ласкаря как богоизбранного царя, с чьим именем связана надежда на освобождение ромеев от латинской тирании. В 1217 г., разуверившись в своей полезности для прежней паствы, переправился на остров Эвбея, а затем в Фессалию, откуда планировал продолжить путь в Эпир (см. ст. Эпирское княжество), правитель которого Феодор Ангел Комнин Дука обещал ему своё гостеприимство. Однако поездка Михаила Хониата вызвала подозрение латинских властей, предполагавших, что Феодор Ангел Комнин Дука сможет использовать престарелого митрополита, чтобы увеличить своё влияние на греческие земли. По этой причине Михаила Хониата был вынужден остановиться в монастыре Иоанна Предтечи близ Водоницы, где и пребывал до своей смерти в 1222 г. Сохранилась речь на смерть (см. ст. Монодия) Михаила Хониата, составленная одним из его племянников и произнесённая в Афинах в присутствии паствы митрополита. О посмертном почитании Михаила Хониата в Аттике свидетельствуют две фрески с изображением Афинского архипастыря по имени Михаил, относящиеся ко второй четверти XIII в.: в алтаре церкви святого Петра (город Каливия-Торику, Восточная Аттика) и в церкви святого Спиридона, составляющей часть пещерного комплекса Давелис. Последняя роспись, хуже сохранившаяся, в настоящее время снята со стены и хранится в Византийском музее в Афинах.