Папа Пий X настоятельно рекомендовал, в первую очередь, епископам, препятствовать любым попыткам распространения модернистских взглядов в церкви. С этой целью папским motu proprio «Sanctorum antistitum» от 1 сентября 1910 г. была учреждена «Антимодернистская присяга», составленная на основании главных содержательных пунктов критики модернизма в документах учительства церкви. Присягу, которая была обязательной для всех клириков, кандидатов к принятию священного сана, преподавателей богословских учебных заведений и лиц, занимающих официальные церковные должности, лишь в 1967 г. отменил папа Павел VI (1963–1978 гг.). В 1909 г. профессор церковной истории и сотрудник Римской курии монсеньор Умберто Бениньи, следуя установке Папского престола, основал клерикальное содружество во имя непримиримого борца с инакомыслием в эпоху Контрреформации папы Пия V (1566–1572 гг.) «Sodaliсium Pianum», которое следило за модернистскими проявлениями в католической среде и доносило на заподозренных в модернизме священноначалию. Содружество упразднил в 1921 г. папа Римский Бенедикт XV (1914–1922 гг.), занявший по отношению к модернизму более умеренную консервативную позицию. Принятые Папским престолом запретительные меры привели к формальному преодолению модернистского кризиса. Однако многие фундаментальные идеи модернизма продолжали развиваться в других богословских направлениях, например, во франкоязычном течении «новое богословие» (nouvelle théologie), в Литургическом движении, а его отдельные аспекты воплотились позже в постановлениях второго Ватиканского Собора (ср., например, декларацию о религиозной свободе «Dignitatis humanae», декрет об апостольстве мирян «Apostolicam actuositatem», конституцию о католической церкви в современном мире «Gaudium et spes») и вошли в учение и практику Римско-католической церкви. В настоящее время в католицизме иногда речь идёт о модернизме в контексте поиска новых путей взаимоотношения научного богословия, принципиально ориентированного на свободу исследований, и верховного учительства церкви, обладающего юрисдикционной властью, а также в связи со стремлениями части церковной общественности к изменениям канонической дисциплины по вопросам положения и прав женщин, сексуальной морали и др. В протестантизме модернизмом называют некоторые либеральные богословские направления и идейные объединения конца XIX – первой половины XX вв. в Северной Америке и Англии, представители которых (Н. Смит, Уолтер Раушенбуш, Гарри Эмерсон Фосдик, К. Лейк, Генри Дьюсбери Алвес Мейджор, епископ Эрнст Уильям Барнс и др.) выступали за освобождение от догматических оков, за примат внутреннего, имманентного религиозного чувства, за веру в человеческий прогресс и тесное взаимодействие с секулярной культурой. В Англии модернистами была создана церковно-политическая партия (The Modern Churchmen's Union), и с 1911 г. выпускалось периодическое издание («The Modern Churchman»). В настоящее время протестантский модернизм не играет какой-либо заметной роли в религиозном ландшафте. В православии существенные признаки модернизма проявились в обновленчестве.