В вышедшей в сентябре того же года пространной папской энциклике «Pascendi Dominici gregis» была предпринята попытка свести в систему методологию и «учения модернистов» (modernistarum doctrinae), важнейшие из которых разобраны подробно. Осуждая, в первую очередь, агностицизм, доверяющий лишь феноменам и, как следствие, исключающий всё божественное из научного исследования, а также непосредственно связанные с ними имманентизм, фидеизм, символизм и противопоставление собственного религиозного опыта церковному Преданию, папа в заключение предписывает, чтобы «изучение естественных наук в семинариях упорядочили», а «схоластическая философия была положена в основу занятий священными науками»: «на этом философском фундаменте пусть и возводится основательно всё богословское здание». В папском документе также привлекалось внимание к практическим контрмерам: «Тот, кто так или иначе проникнут модернизмом, да будет беспощадно исключён из числа руководителей и преподавателей; если он уже занимает этот пост, то да будет лишён его, также как и тот, кто способствует модернизму, либо расхваливая модернистов или оправдывая их непростительный образ действия, либо критикуя схоластику, святых отцов, церковное учительство, либо отвергая послушание церковной власти, которая является выразителем этого учительства…». В 1907–1908 гг. наиболее активные и упорные сторонники модернизма, Джордж Тиррелл и Альфред Луази, публично не согласившиеся с официальной церковной критикой, были отлучены от Римско-католической церкви. Критическая систематизация церковной властью многообразных новаторских тенденций и течений под именем модернизма создала видимость их организационного и идейного единства, придала им качество целостного религиозно-философского и общественного движения, которого на самом деле не существовало. В ходе продолжившейся полемики отдельные сторонники обновления церковной жизни и богословской науки стали применять это именование по отношению к собственным взглядам. Открытое ватиканское осуждение подтолкнуло модернистов к более систематизированному изложению своей программы, в которой они призывали взять курс на структурное преодоление централизма и клерикализма в церкви, схоластических подходов в религиозном образовании и богословских науках, на вовлечение мирян в литургическую жизнь и церковную миссию, на оживление внутрицерковного общения и признание ценности личного религиозного опыта.