Для подготовки специалистов В.А. Мошин организовал при Архиве курсы по архивистике и палеографии, впоследствии ставшие ежегодными месячными курсами для работников архивов Хорватии, Боснии и Герцеговины. Итогом этой разносторонней работы стали издания «Кириллические рукописи Югославянской академии» и «Македонское Евангелие попа Иоанна». В этот период в центре научных интересов В.А. Мошина появилась филигранология; определяющее методологическое и теоретическое значение в этой области имеет его работа «Филигранология как вспомогательная историческая дисциплина». В.А. Мошин собрал коллекцию почти из 10 тыс. водяных знаков (часть её представлена в альбомах «Водяные знаки XIII и XIV вв.»), «Водяной знак «корона со звездой и полумесяцем»» и др. В методику работы с рукописями он ввёл обязательное копирование каждого знака, определение его положения на листе относительно горизонтальных и вертикальных линий, выявление всех его вариантов и проч. Используя данную методику, уточнил датировку ряда рукописей, в том числе из рукописного фонда Александра Фёдоровича Гильфердинга (1831–1872 гг.). На состоявшемся в 1958 г. в Москве четвёртом Международном съезде славистов, на котором обсуждались вопросы составления генерального каталога славянских рукописей по странам и способы их описания, был принят метод В.А. Мошина, основанный на методологических подходах русских палеографов Вячеслава Николаевича Щепкина (1863–1920 гг.), Евфимия Фёдоровича Карского (1860–1931 гг.) и Степана Михайловича Кульбакина (1873–1941 гг.). Суть этого метода Дмитрий Богданович, ученик В.А. Мошина, охарактеризовал следующим образом: «Описание рукописей должно, в принципе, представлять собой исчерпывающий справочник обо всех сохранившихся в собраниях и коллекциях древних рукописных материалах, должно полно и безупречно отражать состояние рукописных фондов в целом и каждой рукописи в отдельности, невзирая на её большую или меньшую ценность». В.А. Мошин разработал план систематической работы по выявлению и описанию славянских рукописей в Югославии и сербских рукописей за её пределами, предполагавший составление каталога всех собраний южнославянских рукописей, каталога рукописей по отдельным собраниям и систематическое описание южнославянских рукописей для «Каталога южнославянских кириллических рукописей». Для реализации плана В.А. Мошин основал Археографическую комиссию, которая впоследствии была преобразована в Археографическое отделение Национальной библиотеки Сербии. В.А. Мошин развернул огромную работу по поиску и изучению древнего кириллического рукописного наследия в Югославии, Болгарии, СССР и Европе; составил список хранилищ кириллических рукописей, а также полные научные описания рукописей Исторического музея Хорватии, в том числе собрания Варфоломея (Ернея) Бартола Копитара (1780–1844 гг.), славянских рукописей Македонии и кратко описал кириллические рукописи большинства собраний Югославии и наиболее крупных фондов Ленинграда. В.А. Мошин внёс огромный вклад в развитие археографии, южнославянской палеографии, дипломатики, эпиграфики и других вспомогательных историко-филологических дисциплин; теоретически и методологически разработал более чёткие принципы датирования, локализации и атрибуции рукописных памятников.