После оккупации Македонии Болгарией летом 1941 г. В.А. Мошин переехал в Белград. 3 октября 1941 г. был посвящён в чтецы в русской церкви Святой Троицы в Белграде. Там же 9 октября 1942 г. митрополитом Кишинёвским и Хотинским Анастасием (Грибановским) В.А. Мошин был рукоположён во диакона, 14 октября 1942 г. – во иерея, до 1947 г. служил в церкви Святой Троицы как сверхштатный священник. В апреле 1945 г. клир церкви Святой Троицы перешёл в юрисдикцию Московской патриархии, семья В.А. Мошина, как и семьи других священнослужителей этого храма, приняла гражданство СССР. В 1947 г. В.А. Мошин стал сотрудником Исторического института Сербской Академии Наук и принял приглашение стать директором Архива Югославянской Академии Наук в Загребе. Как священнослужитель был причислен к клиру Преображенского храма в Загребе, выполнял различные церковно-административные поручения, был членом комиссии по проверке знаний священнослужителей по каноническому праву и полемическому богословию, руководил церковным хором. 14 октября 1951 г. митрополитом Загребским Дамаскином (Грданичким) был возведён в сан протоиерея, 19 августа 1952 г. стал ставрофорным протоиереем. В.А. Мошин придавал большое значение отношениям с СССР. Получив советское гражданство, рассматривал приглашения о возвращении на родину, но отказался от переезда по причине невозможности совмещения в СССР научной работы со служением в церкви. Поддерживал тесные контакты с коллегами из Института русской литературы и искусства (Пушкинского Дома) и Института славяноведения и балканистики Академии Наук, с 1950 гг. часто бывал в Ленинграде и Москве, а его исследования регулярно печатались в советских научных журналах. В марте 1959 г. при Совете по культуре Народной Республики Сербия была образована Археографическая комиссия, куда В.А. Мошин был приглашён для работы по систематическому описанию кириллических рукописей, хранящихся в Югославии и за её пределами. В 1961–1967 гг. возглавлял археографическое отделение Национальной библиотеки Сербии в Белграде, принявшее на себя функции расформированной Археографической комиссии. В.А. Мошин читал лекции по славянской палеографии на филологическом (1964–1965 гг.) и философском (1966–1967 гг.) факультетах Белградского университета. С 1967 г. и до последних дней жизни В.А. Мошин работал в Государственном архиве Македонии в Скопье. В 1971 г. избран членом-корреспондентом Македонской Академии Наук. Учениками В.А. Мошина были такие исследователи, как Дмитрий Богданович (1930–1986 гг.), Джордже Трифунович (род. в 1934 г.), Биляна Йованович-Стипчевич, Мира Грозданович-Паич, Луция Цернич, О. Неделькович, Ранко Маринкович, Вангелия Десподова, Лидия Славева и др. В.А. Мошин опубликовал около 250 исследований, посвящённых русской и южнославянской истории, русско-византийским, византийско-южнославянским и южнославянско-русским отношениям, представил свои методологические разработки по камеральной археографии, палеографии, филигранологии, хронологии, художественному оформлению средневековых южнославянских рукописей, опубликовал десятки источников по истории южных славян и эпиграфических памятников, составил научные описания рукописей самых значимых книжных собраний Сербии, Хорватии, Македонии, Боснии и Герцеговины.