При нём была освящена Евгениевская церковь (1885 г.) при Белгородской мужской классической гимназии (на пожертвования капитанши С.А. Мустяц в память о скончавшейся дочери Евгении), построены соборы Рождества Пресвятой Богородицы с четырьмя приделами (1883 г.) в городе Короче, Успения Пресвятой Богородицы (1884 г.) в городе Грайвороне, храмы Богоявления (1883 г.; разрушен в конце 1940 гг.) в селе Беломестное Белгородского уезда, Николая Чудотворца (1883 г.; разрушен в XX в.) в селе Разумное Белгородского уезда, Тихвинской иконы Божьей Матери (1883 г.) в селе Бараново Старооскольского уезда, Рождества Пресвятой Богородицы (1884 г.) в селе Безымянное Грайворонского уезда, Николая Чудотворца в селе Александровское Корочанского уезда, святителя Афанасия в селе Русская Халань Новооскольского уезда, Святой Троицы (1884 г.) в селе Павловка (ныне Обоянский район), Покрова Пресвятой Богородицы (1884 г.; архитектор Владимир Всеволодович Стайновский) в селе Иловка (ныне Алексеевский район), Святой Троицы с двумя приделами (1885 г.) в селе Ровеньки (ныне посёлок Белгородской области) и др. В 1884 г. по распоряжению Михаила (Лузина) в Курске была учреждена богадельня для «бесприютных лиц духовного звания». Михаил (Лузин) был погребён у алтарной стены курского собора в честь иконы Божьей Матери «Знамение». Михаил (Лузин) считается одним из родоначальников русской библеистики XIX в. Подготовка издания синодального перевода Библии во второй половине XIX в. потребовала составления основанных на новом тексте библейских комментариев. В рамках этой задачи Михаил (Лузин) создал ряд общедоступных толкований на Новый Завет, представляющих собой обширную компиляцию из творений отцов церкви и пересказа работ западных библеистов, преимущественно консервативного направления (например, Огюстен Кальме, Карла Фридриха Кейля и др.). В связи с этим Михаил (Лузин) перевёл на русский язык и отредактировал труд по исагогике Нового Завета профессора Галльского университета Генриха Эрнста Герике, который использовался в качестве учебного пособия в русских богословских школах. В то же время Михаил (Лузин) – основоположник полемики с представителями отрицательной западной библейской критики, он хорошо знал их труды и критически разбирал рациональные гипотезы учёных с апологетическими целями (Фридрих Даниэль Эрнст Шлейермахер, Георг Генрих Август Эвальд, Генрих Юлиус Гольцман, Эрнест Ренан, Карл Генрих Граф, Давид Фридрих Штраус, Фердинанд Кристиан Баур и др.). В решении синоптической проблемы Михаил (Лузин) отстаивал теорию о существовании устного предания как основного источника, лежавшего в основе Евангелий, отвергая представление об использовании евангелистами письменных свидетельств. Его труды по толкованию Нового Завета подверглись серьёзной критике со стороны профессора Московской духовной академии Павла Ивановича Горского-Платонова за их несамостоятельный характер. В ответ Михаил (Лузин) объяснял их появление насущной полемической задачей, не требовавшей промедления. Активные труды в области популяризации экзегезы Священного Писания вызвали появление у Михаила (Лузина) многих талантливых учеников и последователей, одним из которых был протоиерей Николай Александрович Елеонский. Михаил (Лузин) создал на основе лекций, прочитанных в Московской духовной академии, ряд обобщающих и вводных (исагогических) курсов по всем книгам Нового Завета и большей части текстов Ветхого Завета. Этот курс под общим названием «Библейская наука» был издан уже после его смерти в Туле под редакцией русского библеиста Николая Ивановича Троицкого.