О периоде ректорства Михаила (Лузина) сохранились неоднозначные мнения. Некий «студент 70-х годов» вспоминал, что «он не был человек ни прямого, ни сильного характера, ни деятельного, сделал две-три попытки ввести некоторые поправки в установленный режим студенческой жизни, но и они оставались бесплодными; мы, студенты, почти не видели своего ректора и не могли проникнуться к нему сыновним уважением. Мы его не знали. А он ничего не предпринимал со своей стороны, чтобы поближе познакомиться с нами... Чаще всего мы видели Михаила на прогулке в Академическом саду». Другой студент называл Михаила (Лузина) «необыкновенно внимательным, приветливым и снисходительным» ректором. Е.Е. Голубинский, в то время экстраординарный профессор, писал, что Михаил (Лузин) «собирался было быть выдающимся, хорошим ректором. Он решил было обуздать студентов от пьянства и бездельничанья и возвратить их к скромной, приличной и достаточно трудовой жизни... Он начал употреблять меры строгости по отношению к безобразиям». 22 января 1878 г. Михаил (Лузин) был хиротонисан во епископа Уманского, викария Киевской митрополии с назначением ректором Киевской духовной академии и настоятелем Киево-Братского в честь Богоявления монастыря. В академии Михаил (Лузин) разрешил проводить студенческие литерктврные вечера. По его инициативе с 1882 г. при Киевской духовной академии действовало Богоявленское братство «для вспомоществования нуждающимся студентам», снабжавшее своекоштных студентов денежными пособиями, книгами, одеждой, оплачивавшее их лечение, проживание на квартирах. В октябре 1878 г. по ходатайству Михаила (Лузина) Киевский митрополит Филофей (Успенский) передал издание «Киевских епархиальных вестей» из ведения духовной консистории в ведение академии. В 1879 г., к 25-летию профессорско-преподавательской деятельности, Михаил (Лузин) получил звание заслуженного ординарного профессора. Он был главой Киевского братства, участвовал в его торжественном открытии 28 сентября 1882 г. Михаил (Лузин) инициировал строительство загородного настоятельского корпуса в Церковщине (ныне в черте Киева), но из-за нехватки средств замысел не был осуществлён. В 1883 г. Михаил (Лузин) был избран почётным членом Московской духовной академии «во уважение его плодотворной, продолжавшейся более двадцати пяти лет профессорской деятельности, соединявшейся с ректорством сначала в Московской, а потом в Киевской Духовной Академии, и во уважение его многих, весьма полезных и отмеченных печатью выдающегося таланта трудов по истолкованию Священного Писания». 19 марта 1883 г. Михаил (Лузин) возглавил самостоятельную Курскую и Белгородскую епархию.