Духовник обители иеромонах Александр (Березовский), состоявший в братии соседнего Медведовского Николаевского мужского монастыря, в 1923–1924 гг. несколько раз отказывался признавать власть обновленцев и оставался в подчинении епископа Черкасского Филарета (Линчевского), служившего в Успенском соборе в Смеле. В 1926 г. в официальных сводках, составленных уполномоченными по Черкасской области, упоминалось, что прихожане и духовенство Мотронинского Троицкого монастыря по-прежнему осуждают обновленчество и признают власть епископа Таращанского, викария Киевской епархии Георгия (Делиева), вступившего во временное управление епархией (Государственный архив Черкасской области). Также в отчетах говорилось о причастности послушниц обители к подпольным, катакомбным правосл. общинам (Государственный архив Черкасской области). В октябре 1929 г. Шевченковский окружной исполком принял решение о закрытии Мотронинского Троицкого монастыря, насельницам было предложено переехать в Красногорский (Золотоношский) в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь, где насчитывалось 14 свободных келий. Постановлением секретариата Всеукраинского ЦИК от 21 ноября 1929 г. Мотронинский Троицкий монастырь был окончательно упразднён. Все здания с имуществом переданы сельскохозяйственной коммуне «Завет Ильича», расположенной в соседнем селе Мельники. Часть насельниц, уцелевших в годы репрессий, в 1941 г. попытались восстановить женскую общину при храме села Гарбузин (ныне Корсунь-Шевченковского района). В 1943 г. немецкими войсками была уничтожена деревянная церковь Иоанна Златоуста. В 1944 г. община была разогнана властями, духовник сестёр протоиерей Николай Кукулевский арестован. В 1968 г. была разработана проектная документация по реставрации Свято-Троицкой церкви. За образец внешнего вида храма был взят рисунок Т.Г. Шевченко «Мотронин монастырь» (1845 г.). Планировалось, что после реставрации в ней будет устроен музей Колиивщины, но реставрация так и не была завершена. В сентябре 1990 г. при Троицком храме бывшей обители, переданном церкви, был открыт скит Красногорского Покровского женского монастыря, а 24 января 1991 г. Синодом Украинской православной церкви принято решение о возобновлении самостоятельного Мотронинского Троицкого монастыря. Первой настоятельницей (1991–2014 гг.) была игуменья Матрона (Гребенович). 27 декабря 2002 г. при Мотронинском Троицком монастыре было открыто духовное училище. Сохранилась Троицкая церковь, построен келейный корпус. 17 августа 2005 г. архиепископ Черкасский и Каневский Софроний (Дмитрук) освятил новопостроенный скит обители с храмом святого Софрония Иерусалимского в селе Замятница Чигиринского района, на месте ранее существовавшего монастырского хутора. С 1 апреля 2015 г. настоятельницей Мотронинского Троицкого монастыря является игуменья Илария (Топитчак). В Мотронинском Троицком монастыре хранилась «Хроника Мотронинского монастыря», описывавшая события 1516–1749 гг. Небольшая выдержка из этого текста опубликована по выпискам, сделанным историком Пантелеймоном Александровичем Кулишом, в сборнике «Южнорусские летописи, открытые и издании Н. Белозерским» (Киев, 1856 г., том 1). Евангелие из монастырской библиотеки, изданное в 1773 г., хранится в Черкасском областном художественном музее.