В 1717 г. по прошению Переяславского и Бориспольского епископа Кирилла (Шумлянского) чигиринский староста польский магнат князь Ян Каэтан Яблоновский, удовлетворив письменное прошение строителя схимонаха Игнатия (Сахненко; ум. в 1753 г.), бывшего казачьего сотника, помог монахам восстанавливать обитель, освободил монастырь от податей, подтвердил его права на землевладения. В том же году Я.К. Яблоновский дал указание чигиринским урядникам, «чтобы разрушенному Мотронинскому монастырю помогали восстанавливаться». В 1719 г. игумен Афанасий получил от гетмана Ивана Ильича Скоропадского подтверждения того, что он по праву владеет монастырскими имениями. Обитель приобрела урочище Замятница. В 1729 г. в Мотронинском Троицком монастыре разбойники похитили все документы на имущество (их оригиналы хранились в Переяславской консистории), забрав с собой всё самое ценное. 24 августа 1731 г. Я.К. Яблоновский издал грамоту об освобождении Мотронинского Троицкого монастыря от всех податей и налогов, он же 11 июля 1746 г. передал монастырю хутор Грищенково. В 1726 г. епископ Кирилл (Шумлянский) благословил строительство пятиглавого деревянного собора во имя Святой Троицы, который был освящён 21 июня 1727 г. В соборе почиталась икона Божьей Матери в позолоченной ризе, «старого письма». К хорам храма была пристроена тёплая церковь в честь Преображения Господня (1735–1736 гг.), освящённая епископом Переяславским и Бориспольским Никодимом (Сребницким), которая простояла до разборки Троицкого собора в 1799–1800 гг. В 1751 г. по благословению епископа Переяславского и Бориспольского, викария Киевской епархии Иова (Базилевича; ум. в 1776 г.), в отремонтированном здании старой деревянной трапезной церкви во имя Иоанна Предтечи был устроен престол в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Но уже в 1774 г. богослужения в этом храме прекратились в связи со строительством новой трапезной. В 1746 г. по инициативе наместника схимонаха Игнатия в пещерах, находившихся рядом с Мотронинским Троицком монастыре, были освящены церковь и часовня, а также основан монастырский хутор в урочище Зосимовщина. В октябре 1747 г. схимонах Игнатий купил урочище Педновское с мельницами, благодаря чему Мотронинский Троицкий монастырь укрепил своё экономическое положение. 10 июля 1749 г. по его просьбе чигиринские управители утвердили за Мотронинским Троицким монастырём урочище Бичева. В 1749 г. насельник Мотронинского Троицкого монастыря монах Серапион совершил паломничество в Иерусалим, написал путевые заметки под названием «Путник». 25 января 1756 г. игумен Мельхиседек (Значко-Яворский), занимавший должность наместника в 1753–1768 гг., основал монастырский скит с хутором в урочище Замятница. По его инициативе в ответ на посягательства униатов определённые Я.К. Яблоновским права обители были внесены 27 октября 1761 г. в книги Житомирского гродского суда (Центральный государственный исторический архив Киева). 14 марта 1765 г. представитель униатского архимандрита комиссар Сичинский ворвался в обитель и объявил, что Мотронинский Троицкий монастырь в скором времени должен стать униатским.