6 января 1768 г. игумен Мелхиседек (Значко-Яворский) просил епископа Переяславского и Бориспольского Гервасия (Линцевского) о разрешении собирать милостыню в Запорожской Сечи, аргументируя это тем, что «монастыр благочестивый Троецкий Мотренинский в крайнем убожестве состоит, в 1766 годе и последний тоего монастыря скот от унеятов ограблен». Мотронинский Троицкий монастырь пострадал в ходе гайдамацкого восстания 1768 г., известного под названием Колиивщины, одним из предводителей которого стал бывший послушник обители Максим Железняк (Зализняк). В причастности к восстанию польские власти необоснованно обвиняли и игумена Мелхиседека (Значко-Яворского). Исследователи полагают, что из-за гайдамацкого восстания 1768 г. и ужесточения правил по сбору милостыни поездка братии в Запорожскую Сечь не состоялась, но, тем не менее, в 1770 и 1772 гг. монахи собирали милостыню в Запорожской Сечи (Центральный государственный исторический архив Киева). 6 августа 1772 г. наместник иеромонах Иринарх (Баландовский) был возведён в сан игумена. В 1773–1776 гг. по благословению Переяславского епископа Иова (Базилевича) в Мотронинском Троицком монастыре была построена новая трапезная, в 1775 г. сооружены ворота с новой колокольней. В 1775 г. монахи основанного Орденом василиан Уманского монастыря захватили Свято-Троицкий мужской монастырь в местеске Лысянка, после чего лысянская братия перешла в Мотронинский Троицкий монастырь (Центральный государственный исторический архив Киева). В том же году униатский супериор Уманского монастыря и ректор Уманской школы Ордена василиан Афанасий Назаревич принуждал к переходу в унию и насельников Мотронинского Троицкого монастыря, присылая своих посланников с угрозами. 17 ноября 1777 г. владелец земель, познанский воевода князь Антоний Барнаба Яблоновский, отнял у Мотронинского Троицкого монастыря некоторые права. Однако его наместник князь Михаил Любомирский в 1777 г. позволил Мотронинскому Троицкому монастырю основать новый монастырский хутор вместо ранее утраченного. В 1786 г. Мотронинский Троицкий монастырь был отнесён к заштатным обителям. После 1795 г. монастырь был переведён в ведение Киевской епархии. В 1795 г. игумен Иринарх (Баландовский) был уволен на покой, новым настоятелем стал архимандрит Антоний (ум. 6 февраля 1807 г.). При нём в 1799–1800 гг. разобрали деревянный Троицкий собор (1726 г.) и в 1800 г. построили одноимённый каменный храм. Новая соборная церковь «от поспешности в кладке, и по непрочности материалов» обрушилась в октябре 1802 г. и на средства подрядчика была отстроена в 1803–1804 гг. 19 апреля 1801 г. настоятель глуховского Петропавловского мужского монастыря архимандрит Мелхиседек (Значко-Яворский) пожертвовал в пользу обители 1 тыс. руб. 26 февраля 1802 г. он же пожертвовал ещё 2 тыс. руб. В 1805–1836 гг. Мотронинский Троицкий монастырь вёл тяжбу с помещиком Иеронимом Сабанским, предводителем дворянства Ольгопольского уезда, который продавал монастырский лес и отнял у братии часть мельниц. Суд прекратился в 1836 г., когда новый владелец соседних сёл Иван Иванович Фундуклей заключил с мотронинским игуменом Палладием мировое соглашение.