Исследователи полагают, что тогда и было создано самое пространное сочинение (172 главы) Макария против патриарха Матфея (не сохранилось). Мануил II безуспешно предостерегал Макария от разрыва с патриархом, поскольку, по его словам, это неизбежно привело бы к такому же расколу внутри Восточной церкви, как произошло в Западной церкви (речь шла о Великой схизме внутри католической церкви, начавшейся в 1378 г.). Макарий просил императора переслать его сочинения патриарху, однако тот не сделал этого, надеясь, что Макарий образумится. Осознав, что увещания бесполезны, император позволил патриарху провести соборное разбирательство над Макарием и Матфеем Мидийским. По словам самого Макария, после возвращении из Мореи он намеревался отправиться на Афон, но патриарх заставил его предстать перед судом. В сентябре 1405 г. Макарий и Матфей Мидийский были низложены как нарушители собственных клятв и возбудители спокойствия, выступающие против императорского хрисовула, их сочинения предали анафеме. В течение трёх лет Макарий и Матфей Мидийский тайно распространяли памфлеты против патриарха, в которых назвали его «трижды епископом, епископом-вельможей, узурпатором и отцеубийцей». Один из этих памфлетов попал в руки императора, но он не стал давать ход новому процессу, поскольку публично Макарий от критики воздерживался. Распространились обвинения и на императора, один из неопубликованных трактатов Макария в рукописи посвящён вопросу о пределах императорской власти, «о том, что… царь не властвует и не распоряжается в канонических и священнических делах, а только в политических…». В 1408 г. Макарий и Мидийский епископ Матфей публично обвинили патриарха Матфея в ереси и потребовали нового разбирательства. В течение года император в личных посланиях пытался склонить Макария к примирению. В последнем письме (как полагают исследователи, от июля 1409 г.), отличающемся жёстким тоном, император признавал, что все попытки разрешить дело миром были безуспешными. В сложившейся ситуации император Мануил II не видел иного выхода, кроме созыва нового Собора. В августе 1409 г. на Соборе было признано, что патриарх Матфей не может считаться трижды епископом, поскольку в случае с поставлением на Халкидонскую кафедру он хотя и был избран, но возложение рук и чтение молитвы хиротонии не состоялось. Таким образом, Матфей никогда не был Халкидонским епископом. Макарий, полагавший, что избранный на епископский престол уже является епископом, не сумел обосновать свои утверждения. Макарий и Мидийский епископ Матфей были осуждены, отлучены от церкви и приговорены к заточению в монастыре в Константинополе или на каком-либо из островов (решение оставалось за императором). Дальнейшая судьба Макария исследователям неизвестна.