Основные сведения о противостоянии содержатся в томосе от августа 1409 г. об осуждении Макария и Матфея Мидийского (этот документ сохранился в списке), а также в полемических и апологетических сочинениях самого Макария, созданных в 1403–1408 гг.; эти труды входят в состав рукописей, представляющих собой своего рода досье конфликта, собранное самим Макарием незадолго до августа 1409 г. Кроме собственных сочинений Макарий включил в это досье соборные постановления и императорские послания. Архив был частично издан Витальеном Лораном, однако принцип изложения материала (по типу источника, а не в соответствии с хронологией событий или расположением в рукописи) и выборочный характер публикации не позволяют исследователям составить исчерпывающее представление о сборнике документов. В отсутствие Мануила II управление империей было возложено на соправителя и племянника императора Иоанна VII Палеолога, который низложил патриарха Матфея в начале 1402 г. (каноническое обоснование составил Матфей Мидийский). Поскольку Собор, рассматривавший дело патриарха Матфея, проходил в период осады Константинополя турками, в нём не смогло принять участие необходимое для кворума количество епископов. Поэтому вскоре был созван новый более представительный Собор, подтвердивший решение первого. После возвращения Мануил II хотел восстановить на патриаршем престоле Матфея и попытался заручиться поддержкой епископата, однако Собор (между 9 и 14 июня 1403 г.), в котором принял участие и Макарий, подтвердил низложение патриарха. Позиция Макария осложнила его отношения с императором, который, по словам самого Макария, считал, что «тот, кто признаёт его [Матфея] патриархом, признаёт и меня царём, тот же, кто не признаёт его патриархом, не признаёт царём и меня». Мануил II по собственной воле восстановил Матфея на патриаршем престоле, но сумел добиться от епископата его признания только через полгода. Зимой 1403/1404 гг. состоялось соборное разбирательство под председательством Мануила II, на котором патриарх Матфей был признан свободным от всех обвинений. Макарий и Матфей Мидийский подписали это решение и участвовали в патриаршем богослужении. Примирение, во время которого Макарий исполнял императорские поручения в Морее, было кратким. Макарий и Матфей Мидийский продолжали выступать против патриарха, утверждая, что подписали решение под давлением. При этом Макарий посылал свои полемические сочинения императору и требовал созыва Собора, на котором были бы заслушаны обвинения против патриарха.