Макариева пустынь была упразднена до 1764 г. и в дальнейшем существовала как погост. В середине 1780 гг. Преображенский храм сгорел, но деревянный сруб, устроенный в подклете храма над погребением святого, не пострадал. После пожара некий местный житель хотел вскрыть погребение Макария, но ослеп в наказание. В 1786 г. над мощами Макария был построен новый деревянный храм в честь Преображения Господня с приделом во имя преподобного Павла Обнорского. В начале XIX в. рядом с деревянным был возведён каменный Преображенский храм, освящённый в 1821 г. Храм имел три престола: в честь Преображения Господня, во имя преподобного Павла Обнорского и во имя святых Космы и Дамиана. В 1907 г. деревянный храм вновь сгорел, и на его месте в 1909–1912 гг. возвели деревянный холодный храм, освящённый во имя преподобного Макария Писемского в 1912 г. В подклете церкви над погребением Макария находилась рака святого. В 1916 г. на раке под пеленой хранился посох преподобного. Существовала молитва святому, составленная около 1750 г. Гробница с иконой Макария, установленная в Преображенском храме, имела символический характер. В конце 1930 гг., в период массового закрытия сельских храмов в Буйском районе, приход в бывшей Макариевой пустыни сохранился. В 1951 г. Макариевский храм был закрыт, прекращён доступ к мощам святого. Часть икон перенесли в Преображенскую церковь, которая в 1950–1980 гг. оставалась одной из немногих действующих в Буйском районе. В декабре 1990 г. по благословению епископа Костромского и Галичского Александра (Могилёва) из Макариевского храма в Воскресенский кафедральный собор в Кострому была перевезена рака Макария. В 1991 г. её перенесли в Богоявленский собор Анастасиина монастыря, где она находится в настоящее время. 26 февраля 1994 г. определением Синода РПЦ монастырь был возрождён как женский, его настоятельницей стала игуменья Ангелина (Травина; 30 марта 2011 г. пострижена в великую схиму с именем Макария – в честь преподобного Макария Писемского). 1 ноября 1998 г. благочинный Буйского района протоиерей Аркадий Климов совершил малое освящение Макариевского храма; был восстановлен находящийся неподалёку от храма колодец преподобного. 22 июня 2000 г. прошли торжества в честь 600-летия основания обители. Канонизация Макария подтверждена включением его имени в Собор Костромских святых, установленный в 1981 г. Иконописные подлинники не содержат описания облика Макария. В описи Павлова-Обнорского монастыря 1683 г. упоминаются две иконы с парными изображениями Макария и преподобного Павла Обнорского. Одна икона («Образ преподобных Павла Обнорского и Макария Писемского чудотворцов во облаце Святая Троица») находилась в Преображенском храме Макариевой пустыни Буйского уезда Костромской губернии, другая («Образ преподобных чудотворцов Павла и Макария, а промеж ими крест, а вверху Отечество») – в приделе преподобного Павла Обнорского этого храма. Исследователи полагают, что ранние иконы Макария сгорели во время пожара 1907 г., уничтожившего деревянный Преображенский храм, поэтому к концу XX в. на территории Макариевой пустыни сохранилось несколько икон XIX в. с изображением Макария.