В 1660 г. братия овручского Успенского Заручайского монастыря избрала Макария архимандритом. Обитель страдала от притеснений со стороны иезуитов, василиан, шляхтичей – католиков и униатов, которые покушались на её имущество и земли. Макарий отстаивал православный статус монастыря, защищал его от притеснений, отказывался от споров о вере с униатами. Многочисленные татарские отряды, участвовавшие в военных событиях на украинских землях, неоднократно пытались захватить монастырь. Во время одного из нападений обитель была чудесным образом спасена по молитвам Макария: когда иноки вместе с архимандритом крестным ходом вышли из ворот, осаждавшие в панике разбежались. В 1671 г. татары и поляки разорили Овруч и монастырь: священников убили, имения расхитили. Макарий удалился из Овручской обители и обратился за поддержкой к Черниговскому архиепископу Лазарю (Барановичу), местоблюстителю Киевской митрополии; около трёх лет святой провёл в Киево-Печерском монастыре (см. Киево-Печерская лавра). В 1674–1675 гг. архиепископ Лазарь (Баранович) назначил Макария настоятелем казачьего Георгиевского монастыря в Каневе. Назначение произошло вследствие того обстоятельства, что в начале февраля 1674 г. город заняла русско-украинская армия и разместила там большой гарнизон. До 1678 г. город входил в состав Русского государства и в церковном отношении подчинялся Лазарю (Барановичу). Впоследствии Канев вновь вошёл в состав Речи Посполитой, и в жизнеописаниях Макария были сделаны попытки замолчать эту связь: его назначение, происшедшее при «царе Михаиле», приписывалось гетману Правобережной Украины Петру Дорофеевичу Дорошенко и некоему митрополиту Киприану. По мнению Лавровского, такие сообщения могли появиться при переписке сведений о Макарии из василианских рукописей. Назначение Макария в Канев произошло при униате Киприане Жоховском, который стал митрополитом в 1674 г.; исследователи полагают, что под «царём Михаилом» имеется в виду польский король Михаил Корибут Вишневецкий (ум. в 1673 г.). Каневские василиане внесли имя Макария в свой помянник и правильно отметили в нём год его кончины. Игумен киевского Златоверхого во имя архангела Михаила монастыря Феодосий (Сафонович), умирая, просил назначить своим преемником Макария, но архиепископ Лазарь (Баранович) поставил на место Феодосия в 1677 г. кирилловского игумена Мелетия (Дзика). Согласно собственноручной записи Макария на листе. 7 «Бесед Иоанна Златоустого на 14 посланий св. апостола Павла» (Киев, 1623 г.), в этот период он имел титул: «Макарий Токаревский, архимандрит овруцкий, игумен пинский, купятицкий, каневский». 4 сентября 1678 г., после захвата Чигирина, «часть войска турецкого и татар... Канев достали, и вирубали людей, и Канев спалили». В Житии сообщается, что во время этого набега был схвачен Макарий. Требуя сокровищ, захватчики долго мучили святого, привязав его за руки и ноги меж двух столбов. Макарий непрестанно молился, тогда турки обезглавили мученика. Тело святого перенесли в храм, в котором закрылись верующие. Турки вернулись и сожгли храм вместе с людьми. На пепелище уцелевшие жители Канева нашли тело Макария во власянице, с крестом на груди и с другим крестом в руках. 8 сентября 1678 г. мощи святого были погребены на месте жертвенника разрушенного монастырского храма.