У исследователей есть основания предполагать, что уход был вынужденным. Согласно преданию, Макарий был обижен, по одной версии, братией, по другой – кем-то из влиятельных людей. В дальнейшем, как полагают исследователи, Макарий пытался поселиться в Дмитрове. Позднее в городе на Спасской ул. находилось принадлежавшее Калязинскому монастырю подворье, основанное на месте, где, как считалось, была некогда землянка Макария. Исследователи не исключают, что преподобный собирался жить в Кашине, ему приписывали основание там Дмитровского монастыря. Но около 1434 г. Макарий вместе с семью монахами поселился «во своихъ мѣстехъ» и «отчину свою, вси села, приложил тому монастырю». Монахи водрузили на новом месте крест, построили кельи и за сорок дней возвели храм во имя Святой Троицы, положив начало калязинскому Троицкому монастырю. Макарий сначала отказался «начальствовать братиам», желая «в смирении жити», но, поскольку игумен жил не по «преданому закону», Макарий, «много наказав его» и «сказав» о нём епископу, «инаго избравъ себѣ». Когда новый игумен начал «тем же обычеемъ жити», преподобный и его «отстави ото игуменъства». Исследователи полагают, что к 1444 г. Тверской епископ Илия и родственники Макария (в том числе боярин Захария Бороздин) с трудом уговорили преподобного принять священство и «начальствовати во своемъ манастыри братии». Макарий показывал пример необычайной скромности. Он жил в монастыре «яко един от последних инок, пребываше во всяких службах тружаяся и одеяние всех хужьше ношаше, смирен и кроток зело; и егда кого нарѣцаше по имени, всякому глаголаше: “Старчушко доброй”». Одет Макарий был столь бедно, что «не мнѣти того игумена быти, но единаго нѣкоего от убогих» (Российская государственная библиотека). «Наипаче же вдасть себе болшему подвигу, посту и бдению, и любви нелицемерной, и смирению, и худости ризней, и изнуряти плоть свою злостраданием, и въ время глада нищих без престани кормяше». Макарий «милосердие же равно ко всѣм показоваше, наипаче ко врагом еже пакости ему творящих» (Российская государственная библиотека). Когда воры украли монастырских волов и, не найдя обратного пути, были вынуждены вернуться назад, то у ворот монастыря встретили Макария. Он, словно не зная о происшедшем, спросил у них о цели прихода. Воры были поражены кротостью Макария, раскаялись в содеянном и были прощены. Подобный образ жизни снискал преподобному славу человека беспримерной преданности Богу. «И начаша мнози приходити к святому от князь, и боляр, и вельмож». Исследователям известны два его ученика из благородных семей – Маркелл и Сергий. О значимости Калязинского монастыря, последнего форпоста Тверского княжества на Волге, свидетельствует «Хожение за три моря» тверского купца Афанасия Никитина, получившего в 1468 г. благословение у Макария в его обители. В прениях с митрополитом Даниилом на Московском соборе 11 мая 1531 г. учёный инок, идеолог нестяжательства Вассиан (Патрикеев), говорил о Макарии: «Яз его знал, простой был человек». Это высказывание, как полагают исследователи, подчёркивало не происхождение Макария, а его простой образ жизни. Макарий прилагал усилия к расширению монастырской вотчины. Он принадлежал к старшему поколению иосифлян, преподобный Иосиф Волоцкий, посетив Калязинский монастырь, восхищался царившим в нём благочестием (как и Митрофан (Бывальцев), прибывший с Афона). Макарий был погребён по правую сторону от церкви Святой Троицы, у её южных дверей.