1 августа 1836 г. император, рассмотрев доклад Синода, собственноручно определил: «Быть по сему». Одновременно был утверждён штат нового монастыря: настоятель, наместник, казначей, восемь иеромонахов (в том числе ризничий), четыре иеродиакона, два пономаря, просфорник, ключник (он же хлебодар), чашник, восемь монахов, пять «больничих». На содержание братии было выделено 1353 руб.; на текущие потребности планировалось отпускать ежегодно 1975 руб., а общее содержание штата должно было составлять 3328 руб. 7 августа 1836 г. Синод предписал Антонию (Смирницкому) «избрать для монастыря земли, рыбные ловли, лесной участок и мельницу», «монашествующих разместить в зданиях архиерейского дома…, не лишая с тем ни консистории, ни учеников с их наставниками своих помещений», начать постройку «нового для консистории флигеля собственно монастырскими способами». 1 сентября 1836 г. состоялось торжественное открытие монастыря, который стал не только церковным и общественным центром Воронежа и губернии, но и всей православной России. В обитель к мощам Митрофана приходили паломники всех сословий со всей страны. Первым из русских царей на поклонение мощам прибыл императора Николай I, 8 мая 1887 г. – император Александр III с императрицей Марией Фёдоровной и великими князьями Георгием и Николаем. 6 декабря 1914 г. Митрофанов Воронежский монастырь посетил император Николай II с императрицей Александрой Фёдоровной и дочерьми Ольгой и Татианой. Все значительные события в жизни Воронежа, епархии и губернии сопровождались богослужениями и молебнами Митрофану в обители. Все гласные, избранные или переизбранные в городскую Думу, принимали в монастыре присягу. В 1846 г. Николай Гаврилович Чернышевский в обители молился святителю о помощи при поступлении в университет; в монастырском саду трудился будущий писатель Максим Горький. Настоятелем Митрофанова Воронежского монастыря был правящий архиерей Воронежской и Задонской епархии. Численность братии по штату указом Синода определялась в 33 человека. В 1865 г. в Митрофановом Воронежском монастыре проживали 87 насельников, а позже (без точного указания года) – уже 180, в 1908 г. – 69 монахов, 65 послушников.