Был организован митинг (25 тыс. человек), собравшиеся около Митрофанова Воронежского монастыря «потребовали» снять колокола со всех монастырских церквей и сдать их в металлолом. Горсовет немедленно принял такое постановление. 28 января 1930 г. монастырская звонница лишилась всех колоколов, их отправили на переплавку. По воспоминаниям неизвестного воронежца, в 1929 г. «в Пасхальную заутреню» рядом с Митрофановым Воронежским монастырём «начался разгул погромной деятельности «Союза безбожников», возглавляемого неким Зориным [Зариным]. Во время крестного хода вокруг храма появились комсомольцы с оркестрами, плясунами, ряжеными, пытаясь нарушить молитвенное настроение у молящихся. Колокольного звона уже не было, колокола уже были сняты. Но, слава Богу: Пасхальная заутреня была дослужена до конца, и она была последняя в монастыре... «Союз безбожников» уже заранее был подготовлен к кощунству над мощами святителя Митрофания. В самый день торжества неожиданно были запрещены всякие богослужения, был создан особый комитет из коммунистов, которые вскрыли мощи святого Митрофания, сели в автомобили и, вместе с останками, показали народу предметы, не относящиеся к мощам, конечно, ими же вложенные специально для антирелигиозной пропаганды. Руководители этой кощунственной церемонии – секретарь комитета коммунистической партии Варейкис и начальник области Рябинин. Впоследствии оба они были расстреляны большевиками. Вскоре закрыт был и собор... Приставные иконы у стен были уничтожены. В самом здании собора сделали завод бетонных кирпичей для городского строительства… Нашёлся один маляр, который за тысячу рублей согласился срезать крест на колокольне: срезал и вскоре сошёл с ума». После закрытия Митрофанова Воронежского монастыря в Благовещенском соборе был устроен ломбард, в июне 1930 г. горсовет решил разместить в монастыре Физиатрический институт. В 1930 гг. в певческом корпусе Митрофанова Воронежского монастыря находился областной архив. Во время Великой Отечественной войны здания Митрофанова Воронежского монастыря оказались в эпицентре боёв. Колокольня, занятая фашистами и использовавшаяся ими как наблюдательный пункт, была уничтожена советской артиллерией. В 1943 г. в сохранившихся зданиях поселились жители разрушенного Воронежа. В 1944 г. академик Лев Владимирович Руднев предложил проект восстановления Воронежа, в котором на месте Митрофанова Воронежского монастыря предлагалось построить мемориал в честь Победы с 75-метровой башней, равной по высоте разрушенной колокольне. Проект не был утверждён. В 1956–1965 гг. на территории монастыря построили главный корпус Воронежского государственного университета (проект архитекторов П.И. Суковнина, А.П. Станиславской и В.А. Павлова). В ходе строительства монастырские здания были снесены, сохранились лишь фрагменты каменной опорной стены и бывший странноприимный дом (гостиница; ныне ул. Нарвская, дом 8). 20 августа 2007 г., во время празднования 175-летия обретения мощей святителя Митрофана, митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий (Фомин) освятил поклонный крест на месте монастыря.