Однако в него входили не все белорусские униатские общины. В частности, староста основанного в 1991 г. униатского прихода в Минске С. Абламейко, который был членом партии «Белорусский народный фронт», выступал за самостоятельный статус Белорусской греко-католической церкви. Соответствующее обращение к папе Римскому собрало больше 2 тыс. подписей. Другой униатские деятель, лидер партии «Белорусская социал-демократическая громада» А. Сидоревич, обратился к правительству Белоруссии с просьбой добиваться у Папского престола назначения отдельного епископа для белорусских униатов, поскольку архиепископ Казимир Свёнтек, поляк по национальности, является «проводником полонизации» и, по словам А. Сидоревича, не может руководить белорусскими греко-католиками. В начале 1992 г. глава МИД Белоруссии обратился к государственному секретарю Ватикана с предложением назначить в Минск греко-католического епископа для организации самостоятельной Белорусской греко-католической церкви, юрисдикция которой распространялась бы как на униатов Белоруссии, так и на униатов-белорусов в эмиграции (Национальный архив Республики Беларусь). На то время наиболее приемлемой для властей была кандидатура протопресвитера Александра Надсона, который с 1986 г. был главой Лондонской белорусской греко-католической миссии и апостольским визитатором белорусских униатов в эмиграции, с 1991 г. регулярно служил в Минске и Гомеле. К 1994 г. в Белоруссии насчитывалось 11 зарегистрированных греко-католических приходов. В ноябре 1993 г. римской Конгрегацией по делам Восточных Церквей был назначен временный делегат по управлению Белорусской греко-католической церковью, им стал иеромонах Ян Сергий Гаек, католический священник-биритуалист из конгрегации мариан. Утверждение Яна Сергия Гаека в должности апостольского администратора для греко-католиков Белоруссии с обязанностями главы Белорусской греко-католической церкви состоялось по декрету папы Римского Иоанна Павла II от 16 июля 1994 г., после проведения в Риме совещания папы с белорусскими римско-католическими епископами. Несмотря на создание Белорусской греко-католической церкви, белорусские униаты сохранили иерархическую подчинённость католическому Минско-Могилёвскому архиепископу-митрополиту. Отдельные униатские общины, в основном, взаимодействовали с протопресвитером Александром Надсоном. В 2013 г. в Белоруссии были зарегистрированы 15 греко-католических общин, из них четыре в Минске, одна в Минской области (в Молодечно). По данным курии апостольского администратора для греко-католиков Белоруссии, в республике насчитывается около 40 тыс. греко-католиков, большинство проживают в столице и в западных областях. В 2008 г. в Заводском районе Минска был открыт Всебелорусский греко-католический духовный центр во имя праведного Иосифа с домовой церковью; в нём располагается курия апостольского администратора для греко-католиков Белоруссии.