Ещё до нападения Германии на СССР, 17 июня 1941 г., Ромуальд Ялбжиковский направил в Рим прошение о предоставлении ему для духовной опеки бывших белорусских епархий в Минске, Могилёве, Пинске и Полоцке. 20 сентября 1941 г. через апостольского нунция в Берлине Ромуальд Ялбжиковский получил чрезвычайные полномочия Папского престола по духовному попечительству всех римско-католических общин на территории Могилёвского архиепископства; в основном, это касалось Белоруссии и соседних районов РСФСР, в которых Ватикан собирался развернуть «восточную миссию». Не позднее октября 1941 г. Ромуальд Ялбжиковский был назначен апостольским администратором Могилёвского католического архиепископства и Минского католического епископства, которые предполагалось постепенно восстановить. Его генеральный викарий Кароль Любянец с началом немецкой оккупации Белоруссии переехал из Молодечно в Центральную Белоруссию, где пытался организовать временную администрацию с целью восстановить католические приходы. В 1942 г. он был казнён немцами за помощь евреям. В конце июля 1941 г. в Минске начал свою деятельность посланник синода католической «восточной миссии» священник Виктор Рыбалтовский из Вильнюса (Вильно). Вскоре он был арестован и удалён из Минска. О «восточной миссии» были информированы немецкие спецслужбы и оккупационные власти Белоруссии. Гитлеровцы полагали, что «в дальнейшем следует рассчитывать на усиленное возрастание активности римско-католической работы и, значит, на усиление польской активности». В ноябре 1941 г. были расстреляны как польские агенты священники Хенрик Глебович и Станислав Гляковский. Осенью 1943 г. был расстрелян один из идеологов белорусизации католических приходов Винцент Годлевский. Начальник гарнизона СС и полиции Вильно в марте 1942 г. получил указание не выдавать паспорта католическому духовенству, направляемому в Белоруссию по заданию архиепископа Ромуальда Ялбжиковского. В сообщении кардинала Луиджи Мальоне от 14 февраля 1942 г. архиепископ жаловался, что комиссар генерального округа «Беларусь» Кубе допускал к совершению католического обрядов лишь священников русской и белорусской национальностей, но не поляков. В 1942–1945 гг. в отсутствие на кафедре Пинского епископа Казимира Букрабы, которому немцы не разрешили въезд в регион, обязанности генерального викария Белоруссии исполнял Ян Василевский, пробст кафедрального собора в Пинске и генеральный викарий по управлению приходами восточной части Пинского епископства (юго-западная часть Белоруссии и отдельные районы северо-запада Украины). Западными приходами диоцеза управлял Хенрик Гумницкий, бежавший перед приходом советских войск из Пинска в город Бельск-Подляски. 24 ноября 1944 г. в Минск прибыл новый генеральный викарий католического Виленского архиепископства для управления приходами БССР Адам Савицкий, бывший полевой духовник «Армии Крайовой» в Белостокском округе, который обратился к уполномоченному по делам культов П. Маслову с просьбой о восстановлении Минского католического епископства. Адам Савицкий сообщал, что от Ромуальда Ялбжиковского ему предоставлены полномочия по управлению католическими общинами по всей Белоруссии. Адам Савицкий получил отказ в регистрации и в январе 1945 г. был репрессирован. 13 декабря 1944 г. генеральным викарием Виленского архиепископства по управлению приходами всей Белоруссии снова был утверждён Ян Василевский, но в начале 1945 г. он был арестован.