4 июля 1942 г. греко-католический экзарх Антоний Неманцевич был арестован гестапо за активную миссионерскую деятельность, по другим данным – за сотрудничество с польским антифашистским подпольем. 6 января 1943 г. умер в тюрьме в Минске. В феврале 1943 г. в деревне Росица, на северо-западе от Верхнедвинска, немцы в ходе карательной операции расстреляли членов конгрегации мариан: священников Антония Лещевича и Юрия Каширу, прибывших из Друйского монастыря (каратели сожгли деревню и казнили половину её жителей). Заместитель экзарха священник Лев Горошко в эмиграции основал белорусскую греко-католическую миссию в Париже. В 1952 г. папа Римский Пий XII назначил для белорусских католиков западного и восточного обрядов в Западной Европе особого апостольского визитатора – епископа Болеслава Слосканса, латыша, хорошо знавшего белорусский язык. В 1960 г. апостольским визитатором для белорусских греко-католиков по всему миру стал Чеслав Cипович, белорусский греко-католический епископ, который жил в Лондоне. Преемниками Чеслава Сиповича стали епископ Владимир Тарасевич (1983–1986 гг.), затем священник Александр Надсон (1986–2015 гг.), руководившие белорусским греко-католическим приходом в Лондоне. В БССР катакомбные униатские общины были известны в Гродно и в Минске, их окормляли рукоположённый в 1976 г. украинским греко-католическим митрополитом Владимиром Стернюком священник Виктор Данилов, житель Гродно, а также катакомбные униатские священники из Литовской ССР. 11 марта 1990 г. в католическом храме на Кальварийском кладбище в Минске состоялась первая литургия на белорусском языке, которую совершил апостольский визитатор для белорусских греко-католиков в эмиграции священник Александр Надсон. В ноябре 1991 г. были зарегистрированы общины Белорусской греко-католической церкви в Минске и в Гомеле, в 1992 г. – приходы в Минске, Гродно, Полоцке, Витебске, а также в городе Старые Дороги Минской области, где открылась униатская часовня, переоборудованная из частного дома. Несмотря на государственную регистрацию в 1991–1992 гг. униатских общин, их церковно-канонический статус для римской Конгрегации по делам Восточных Церквей (см. ст. Восточные католические церкви) оставался неурегулированным. Первый официально признанный Папским престолом греко-католический приход в Минске в честь иконы Богоматери «Неустанная помощь», находившийся в юрисдикции Минско-Могилёвского католического архиепископства, был основан 5 июля 1992 г. указом Минско-Могилёвского архиепископа Казимира Свёнтека. В 1992–1995 гг. также существовал Белорусский греко-католический деканат во главе со священником Яном Матусевичем, в мае 1994 г. получивший официальное признание Папского престола и с тех пор подчинявшийся непосредственно Конгрегации по делам Восточных Церквей.