Хотя в 1921–1923 гг. католические иерархи и клирики принимали активное участие в помощи голодающим Поволжья и других регионов, весной 1922 г. в католических храмах началось изъятие церковных ценностей. Против этого выступили многие священники и миряне, некоторые из них были осуждены за сопротивление. Папа Римский Бенедикт XV (1914–1922 гг.) выразил озабоченность нарушениями религиозных свобод и прав верующих в России. В марте 1923 г. в Москве состоялся суд над архиепископом Яном Феликсом Цепляком, викарием Константином Ромуальдом Будкевичем, экзархом Леонидом Ивановичем Фёдоровым и другими представителями католического духовенства и мирянами, которых обвинили в контрреволюционной деятельности и противодействии советскому религиозному законодательству. Я.Ф. Цепляк и К.Р. Будкевич были приговорены к смерти, другие обвиняемые – к лишению свободы на срок от трёх до десяти лет. Под давлением международного общественного мнения смертный приговор Я.Ф. Цепляку был отменён, вскоре архиепископа выслали из страны. Расстрел К.Р. Будкевича вызвал протесты со стороны Папского престола, правительств ряда стран и общественных организаций, которые также негативно относились и к проходившему в тот же период процессу над Патриархом Московским и всея России Тихоном (Беллавиным). В начале 1920 гг. на территории СССР кроме Могилёвского католического архиепископства существовали пять католических епископств, апостольское викариатство, апостольская администратура для армян-католиков и экзархат для русских католиков восточного обряда; действовали около 620 церквей, в которых служили около 400 священников. Однако система церковного управления фактически не действовала, в стране не осталось епископов-ординариев. Епископ Мишель д'Эрбиньи, назначенный апостольским делегатом в России и наделённый широкими полномочиями (декрет «Quo aptius» от 10 марта 1926 г.), получил задание восстановить католическую иерархию. Он принял решение создать в СССР девять апостольских администратур (Закавказье; Казань, Самара и Симбирск; Ленинград; Минск и Могилёв; Москва; Одесса и Крым; Саратов и Поволжье; Северный Кавказ; Харьков), сохранив Житомирское и Каменецкое епископства. В апреле-августе 1926 г. д'Эрбиньи тайно совершил епископские рукоположения Пия Эжена Невё, Болеслава Слосканса, Александра Фризона и Антония Малецкого. Когда ГПУ стало известно о действиях д'Эрбиньи, папскому посланнику было предписано покинуть страну (сентябрь 1926 г.). Структуры Могилёвской митрополии были заменены системой церковных округов во главе с апостольскими администраторами. За координацию деятельности епископов и контакты с органами государственной власти отвечал епископ Пий Эжен Невё, апостольский администратор Москвы, который был гражданином Франции. Представители иностранных государств оказывали материальную и дипломатическую помощь некоторым католическим приходам: например, посольство Германии поддерживало бывший кафедральный собор в Саратове, в котором бо́льшую часть прихожан составляли поволжские немцы (собор закрыт в 1935 г.).