В манифестах царь обличал его как предателя украинского народа, стремившегося отдать Украину под власть поляков. После того как Пётр I провозгласил И.С. Мазепу «вторым Иудой», его власть, а следовательно, и действия в качестве гетмана стали считаться незаконными. Это послужило дополнительным фактором, повлиявшим на настроения населения украинских земель. И.С. Мазепа хотел оправдаться, обвиняя русское правительство в нарушении «вольностей», однако не был поддержан населением. Впоследствии И.С. Мазепа попытался получить прощение царя, обещая при условиях гарантий со стороны европейских держав захватить в плен и передать Петру I Карла XII или кого-то из его маршалов. Шведское командование, чтобы пресечь переход И.С. Мазепы, ограничило свободу его передвижения. Во время Полтавской битвы 1709 г. Карл XII оставил И.С. Мазепу и казаков охранять обоз. После поражения шведской армии из страха попасть в руки царя гетман бежал из-под Полтавы через Дикое Поле. Это подорвало здоровье И.С. Мазепы, он заболел и вскоре умер. Похоронен в монастыре святого Георгия (Юра) в городе Галац (ныне Румыния), могила не сохранилась. Награждён орденом Андрея Первозванного (1700 г.; второй кавалер ордена, лишён его заочно в 1708 г.: вместо него Пётр I распорядился отлить для И.С. Мазепы «монету» из серебра весом в 30 римских сребреников – так называемый орден Иуды), польским орденом Белого Орла (1707 г.). Предательство И.С. Мазепы и его любовные авантюры вызывали интерес писателей, поэтов, художников, композиторов. Его образ нашёл отражение в произведениях Вольтера («История Карла XII…», 1731 г.), Джорджа Гордона Байрона («Мазепа», 1818 г.), Виктора Гюго («Мазепа», 1829 г.), Фаддея Венедиктовича Булгарина («Мазепа», части 1–2, 1833–1834 гг.), Юлиуша Словацкого («Мазепа», 1839 г.), Йозефа Вацлава Фрича («Иван Мазепа», 1865 г.) и др. Александр Сергеевич Пушкин сделал Мазепу одним из главных героев поэмы «Полтава» (1828 г.), на её сюжет Пётр Ильич Чайковский написал оперу «Мазепа» (1883 г.). Симфоническую поэму «Мазепа» в 1854 г. создал Ференц Лист. И.С. Мазепа изображён на картинах Луи Буланже, Эжена Делакруа, Теодора Жерико, Теодора Шассерио и др. В честь И.С. Мазепы в 1940 г., во время нацистской оккупации Польши, был учреждён орден «Мазепинский крест» для награждения украинских частей Галицийской армии, а 26 марта 2009 г. – знак отличия Президента Украины «Крест Ивана Мазепы». Памятники И.С. Мазепе установлены в селе Мазепинцы (1994 г.; скульптор Евгений Ефимович Горбань), Чернигове (2009 г.; скульптор Геннадий Алексеевич Ершов), Киеве (2009 г.; скульптор Франк Майслер), Бендерах (2009 г.; скульптор П. Герман), Полтаве (2016 г.; скульптор Николай Ильич Билык) и др.