После того как русская армия опустошением местности и успешными военными действиями у сёл Доброе и Раевка близ Смоленска заставила Карла XII отказаться от наступления на Москву и вынудила его в сентябре 1708 г. повернуть на Украину, положение И.С. Мазепы на Гетманщине резко осложнилось, т.к. большинство населения украинских земель было настроено против шведов. И.С. Мазепа получил приказ Петра I заградить путь шведам у реки Десна, но, чтобы не выступать с казаками, гетман симулировал приступ тяжёлой болезни. Узнав, что к его столице Батурину приближается с войсками Александр Данилович Меншиков, фактически лишивший И.С. Мазепу основных административных функций и власти в Малороссии, 24 октября 1708 г. гетман бежал к шведам. С собой он увёл около 2 тыс. казаков под предлогом, что они будут воевать против войска Карла XII (только за Десной, получив шведскую охрану, И.С. Мазепа предложил старшинам выступить перед казаками с речами о «свободе от царя»). При этом И.С. Мазепа, не исключая возможности гибели города, вывез бо́льшую часть своих богатств, а также бывшую казну Ивана Мартыновича Брюховецкого, Демьяна Игнатьевича Многогрешного и Иван Самойловича Самойловича. Новым гетманом Левобережной Украины 7 ноября стал Иван Ильич Скоропадский, сторонникам И.С. Мазепы была объявлена амнистия на срок один месяц. 9 ноября 1708 г. в Троицком соборе города Глухова митрополит Киевский, Галицкий и Малыя России Иоасаф (Кроковский) вместе с архиепископом Черниговским и Новгород-Северским Иоанном (Максимовичем; впоследствии митрополит Тобольский) и епископом Переяславским Захарией (Корниловичем) отслужил литургию и молебен, после чего в присутствии Петра I предал И.С. Мазепу «вечному проклятию». 12 ноября в Успенском соборе Московского Кремля в присутствии царевича Алексея Петровича местоблюститель Патриаршего престола митрополит Рязанский Стефан (Яворский) провозгласил анафему И.С. Мазепе. Вопрос о каноничности анафемы до сих пор считается дискуссионным, т.к. она была наложена не соборно, а по воле Стефана (Яворского). На данный момент анафему признаёт только РПЦ. С 1869 г. имя И.С. Мазепы было изъято из текста ежегодного анафематствования в Неделю Православия. С предложениями о снятии анафемы выступали общественные и церковные деятели, в частности, ректор Киевского университета святого Владимира Михаил Александрович Максимович и Киевский митрополит Антоний (Храповицкий). Однако во всех случаях этот процесс был остановлен вышестоящим церковным руководством. Наложение анафемы сильно повлияло на настроения украинского населения. Образ предателя православной веры и Российского государства был центральным в так называемой войне манифестов, начатой Петром I и во многом лишившей И.С. Мазепу социальной поддержки.